主要是税收结构的问题：税制结构是指税收制度中税种的构成及各税种在其中所占的地位。税制结构是否合理，是税收制度是否健全与完善、税收作用能否充分发挥的前提。主体税种是一个国家税制结构中占据主要地位，起主导作用的税种。根据主体税种的不同，当今世界各国主要存在两大税制结构模式，一个是以所得税为主体，另一个是以商品税为主体。我国现行税制是1994年税制改革后形成的，其基本原则是“统一税法、公平税负、简化税制、合理分权”，实行的是以增值税为第一主体税种，企业所得税为第二主体税种的“双主体”税制结构。这种税制结构实行近10年来，成效显著，但由于税制改革方案出台时间较仓促，使新税制从一开始就存在某些先天不足。随着社会主义市场经济的发展，新的问题不断出现，使现行税制与社会经济发展状况不相适应的矛盾日益突出。从我国现行税制运行来看，还存在一些不规范、不完善之处。其中一个突出问题是税制结构配置错位。1． 从宏观税负结构来看，税收占GDP比重偏低，"税弱费强"。我国现行的宏观财政收入大约占GDP的30％左右。我国税制结构改革的主要思路及对策措施（一）科学选择主体和辅助税种我国主体税种的选择应继续坚持流转税（主要是增值税）和所得税并重的“双主体”税制结构。恰当地选择具有特定功能的辅助税种。为补充主体税种在实现税收政策目标中的不足，应根据税收环境的变化，对现行税制中的辅助税种进行相应的调整和完善，使之更加符合经济发展的需要。（二）优化主要税种的内部结构应扩大增值税的范围。合理调整增值税的税率结构。（三）完善中央税与地方税结构（1）应改变按企业行政隶属关系和经济性质划分中央税和地方税的做法，实行按税种划分收入。应将与宏观经济稳定和对收入分配关系密切的税种和收入规模较大的税种作为中央税。除按现行分税办法将消费税、关税继续作为中央税外，建议将个人所得税和社会保障税也作为中央税。企业所得税、增值税则应作为中央与地方的共享税，实行税源共享，并取消中央对地方的税收返还。（2）在给予地方政府必要税权的基础上，完善地方税体系。企业所得税和增值税应成为地方主要的收入来源，同时，地方可以根据本地的实际情况开征新税种，并有权对地方税税种进行适合本地情况的调整。（3）建立和完善省以下分税制。使省以下各级地方政府把有与其经济增长相关性较强且具有较强收入弹性，具有一定的增长潜力的税种作为其主体税种，形成完善的地方税体系，保证地方经济和各级政府税收收入的稳定增长。根据预算完整性原则，世界上绝大多数国家的各项税收、行政规费均列入财政预算，且财政收入的主要来源是税收，收费只占财政收入的极小部分。而我国财政收入中预算外和制度外收入所占比重过大。2． 从产业税负结构来看，不同产业间税负不平衡。改革开放以来，我国三大产业均得到了较快的发展，但不同产业之间税负不平衡。有关统计显示，第一产业税负有所上升；第二产业税负略有下降；第三产业税负下降明显。另外，在产业内部各行业间税负也不均衡，能源、原材料等基础产业税负上升明显，而加工工业和商品流通行业税负是下降的，不少商业企业出现了零申报或负申报。由于我国实行的是生产型增值税，使得外购原材料较少的基础产业的税负重于外购材料较多、扣除率高的一般加工性工业和商业。3． 不同地区间税负差距仍在逐步扩大。东部地区GDP总量和人均GDP的占有量均高于中西部地区，而税收负担相对低。除去征收管理方面的因素，东部外向型经济的迅速发展，致使无税增加值上升较快，增加了GDP总量，减少了增值税、消费税"两税"的增长，而西部地区则由于现行的生产型增值税不准扣除固定资产的价值，加重了采掘企业的税负，所以西部地区尽管矿产资源丰富，所征的资源税却不能完全转嫁给购买和使用资源的部门，反而增加了矿业企业本身的税收负担。4． 税种结构设计存在缺陷，弱化了税收调控职能。就税制结构总体而言，间接税所占比重过大。1994年税制改革偏重于考虑税收收入，因而在税种结构设计上加大了间接税比重，流转税中增值税、消费税、营业税约占税收总收入的70％以上，其中增值税约占50％，而能够参与经济调控的以所得税为代表的直接税比重，则由过去的28％左右下降到现在的18％，其中个人所得税仅占3．2％。
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