上海电机学院的组织机构包括多个部门，以支持学校的全面运营和管理。首先，负责思想政治工作的部门有：党委办公室、党委组织部、党委统战部、党委宣传部和党委学生工作部，它们共同维护学院的精神文化氛围和学生教育。
在行政管理方面，有院长办公室，负责学院的日常行政事务；新校区建设办公室和杨浦校区综合办公室则专注于校园设施的规划与管理。此外，人事处和教务处分别负责教职工的管理和教学事务，教学评估工作办则确保教学质量的持续提升。
科研工作由科研处负责，后勤保障处则保障师生的日常生活需求；学生处关注学生的成长与发展，而发展规划处则规划学院的长远发展策略。国际合作与交流处负责推动国际交流与合作，财务处和审计处则确保资金的合理使用和监督。
在教学支持层面，有实验室管理与装备处、保卫处，以及信息化办公室，利用现代技术提升教学效率。上海电气中央研究院分院和图书馆则为学术研究提供强大的支持，工业中心和工程训练中心则提供实践教学平台。
继续教育学院和上海电气李斌技师学院为职业技能培训和成人教育贡献力量。校产方面，上海昂电实业有限公司负责资产管理和运营。后勤服务中心则确保校园生活的后勤服务。同时，《电世界》杂志社作为学院的媒体平台，负责信息传播和学术交流。
上海电机学院（Shanghai DianJi University）隶属于上海电气集团总公司，是由上海电气集团与上海市共建共管的一所以工学为主，经济学、管理学、文学等学科协调发展的全日制普通本科院校。学校前身是创建于1953年的上海电器工业学校，1985年在全国首批试点举办五年制技术专科教育，2002年被列为国家重点建设高职高专院校。2001年，上海电机技术高等专科学校与上海机电工业职工大学、上海市机电工业学校合并。2004年，升格为全日制普通本科高校。2011年，学校被国务院学位办列为“服务国家特殊需求人才培养项目”专业学位研究生试点单位。