少精子症的病理病因多种多样，涉及内分泌、感染、血管因素、遗传、免疫、器官异常、营养、环境和生活习惯等多个方面：
首先，内分泌因素导致生精功能障碍，如下丘脑、垂体、睾丸系统功能紊乱。性腺激素过低可能导致小睾丸和男性特征减弱，如高泌乳素也会引发少精子症。甲状腺疾病、糖尿病等同样影响精子数量。
其次，感染，如前列腺炎、精囊炎、附睾炎等，会改变精液成分，影响精子数量和形态，从而导致少精子症。
精索静脉曲张使睾丸温度升高，影响生精功能，轻度可能无影响，但二度以上则可能导致精子减少和活力下降，临床上较为常见。
遗传因素中，染色体异常对精子密度和形态有严重影响。
免疫因素不容忽视，抗精子抗体会导致精子凝集，影响生育，尤其在不明原因不孕症中占一定比例。
器官方面，隐睾是重要因素，单侧隐睾可导致60%的不孕，早期治疗至关重要。
另外，瞒膜积液和温度升高也可能导致少精子症。
营养不良，特别是缺乏锌，会破坏精子生存环境，少精子症由此产生。
环境因素不容忽视，环境污染和激素滥用是少精子症高发的主要原因，包括放射线、化学毒素、高温和某些药物的副作用。
最后，生活习惯的影响也不容小觑，如吸烟、酗酒、紧身衣物、桑拿和化妆品中的有害物质都可能影响精子质量和数量，引发少精子症。
少精子症是精液中精子的数量低于正常健康有生育能力的男子。由于近年来人类精子的质量随环境、雌激素类毒物的污染和其他因素的影响呈下降趋势。现在认为精子数目每毫升少于2000万为少精子症。但临床上常伴有精子活率低，前向运动能力差以及精子畸形率高等改变，此时称之为少弱精子症，少精子症是一种较常见的男性不育的病症。