法律分析：健康证的肛门检查，是医生手戴一个手套在肛门里摸一下，检查是不是有痔疮、息肉、直肠方面的肿瘤，一般时间是10-20秒，不痛、也没有风险，医生会保证患者的隐私，操作很简单、很方便，时间很短，所以不用担心，医生会按实际情况书写。如果没有问题，不影响办理健康证。像平时体检时一样，用手指在肛门周围触摸检查一下，看一下有没有不好的东西。
法律依据：《中华人民共和国食品安全法》 第四十五条 食品生产经营者应当建立并执行从业人员健康管理制度；患有国务院卫生行政部门规定的有碍食品安全疾病的人员，不得从事接触直接入口食品的工作；直接从事化妆品生产的人员，必须每年进行健康检查，取得健康证后方可从事化妆品的生产活动。