法律分析：农民专业合作社可以做公司的股东。农民专业合作社法赋予了农民专业合作社与公司、企业等经济体同等法律地位、法人地位、经济地位。农民专业合作社也和其他公司等经济体一样，甲公司可以投资乙公司，成为乙公司的股东。法人独立原则与有限责任原则作为现代企业法人制度中的基本制度，其法理依据是为在股东与公司债权人之间达成一种风险与权利的平衡。股东作为投资者享有所有者的分享收益、重大决策和选择管理者等权利。推动经济的发展效果。促进资金的横向融通和经济的横向联系，提高资源配置的总体效益。
法律依据：《中华人民共和国公司法》
第三条 公司是企业法人，有独立的法人财产，享有法人财产权。公司以其全部财产对公司的债务承担责任。 有限责任公司的股东以其认缴的出资额为限对公司承担责任；股份有限公司的股东以其认购的股份为限对公司承担责任。
第四条 公司股东依法享有资产收益、参与重大决策和选择管理者等权利。
第二十条 公司股东应当遵守法律、行政法规和公司章程，依法行使股东权利，不得滥用股东权利损害公司或者其他股东的利益；不得滥用公司法人独立地位和股东有限责任损害公司债权人的利益。 公司股东滥用股东权利给公司或者其他股东造成损失的，应当依法承担赔偿责任。 公司股东滥用公司法人独立地位和股东有限责任，逃避债务，严重损害公司债权人利益的，应当对公司债务承担连带责任。