根据板块运动学说，台湾与大陆的分与合是这样解释的：
在很早以前，台湾岛与大陆是相连的，那时在现在台湾海峡的位置是一大片的陆地。
不仅当时台湾是与亚洲大陆相连的，包括琉球群岛、日本、菲律宾等地，远古时期都是和亚洲大陆相连的，而东海、黄海、日本海和南海，当时都是大片的陆地，黄海一带还是一片高原。
后来由于太平洋板块、菲律宾板块向亚洲大陆板块俯冲，不仅在台湾、琉球、日本、菲律宾等地发生造山运动和火山活动，还在它们的后方内陆地区发生造弧后盆地作用（参见我以前的回答：《岛弧是怎么形成的》
http://zhidao.baidu.com/question/63492532.html ），于是在现在台湾海峡、东海、黄海、日本海、南海这些地方，发生了陆地下陷成为弧后盆地的作用，海水涌进这些盆地，则形成了海洋。
台湾海峡一带，是上述地区俯冲作用最弱的地方之一，因此也是造弧后盆地作用最弱的地方，所以台湾海峡是这些海洋中最窄、最浅的地方，其地壳还属于大陆地壳；东海则无论在宽度还是深度上都远远超过台湾海峡，其大部分地方仍是大陆地壳，但其东南部的冲绳海槽一带也已逐渐向大洋地壳转化；南海、日本海的造弧后盆地作用最强，在那里由于海底的增生，大陆地壳已被大洋地壳所取代。
所以台湾海峡的出现，台湾与大陆的分离，与日本、菲律宾等的形成的原因是相同的，都是板块运动的结果，只是运动的程度不同而已。
至于你所说的“海平面上升让大陆和台湾连起来，海平面下降分开”则是不准确的说法，事实是，由于台湾海峡比较浅（大部分地方仅几十米深），在历次冰河时期，由于海平面下降（冰河时期最甚时，海平面比现在低200米左右），台湾海峡的海水常常退去，台湾岛因而与大陆连成一片。