日本大学的院系设置丰富多样，涵盖了广泛的学术领域。首先，法学部设有法律学科、政治经济学科、报纸学科、经营法学科和管理行政学科，致力于培养法律和行政管理专业人才。
文理学部则涵盖了哲学、历史、文学（包括日本文学、中国语中国文化、英国文学、德国文学等）、社会学科、教育学科、体育学科、心理学科、地理学、地球系统科学、数学、资讯系统解析、物理、物理生命系统科学以及化学等多个学科，为学生提供全面的文科学术研究机会。
在经济学部，学生可以选择经济学科，以及针对晚间学习的夜问部经济学科。商学部则设有商业学科、经营学科和会计学科，侧重于商业管理和经济实践。
艺术学部涵盖了照明、电影、美术、音乐、文艺、演剧、广播和设计等艺术领域，旨在培养创意人才。国际关系学部则设有国际关系、国际文化、国际交流和国际商业资讯学科，注重国际视野的培养。
理工学部包括建筑、土木工程、海洋建筑、机械工程、精密机械工程、航空太空工程、电气工程、电子资讯工程、物质应用化学、物理、数学等多个工程和自然科学学科，致力于科学技术的研究和发展。
生产工学部和工学部则专注于机械、电气电子、土木建筑、应用分子化学、管理和数理资讯等方面的学习。医学部设有医学科，以及专门的歯学部，如松戸歯学部，研究生命科学和医学领域。生物资源科学部则关注植物、生命化学、兽医学、动物资源、食品经济学、森林资源、海洋生物资源、生物环境工程等领域，以及应用生物科学和国际地域开发等方向。
短大中也设有生物资源学科，药学部则专门培养药物科学的专业人才。这样的学科布局，体现了日本高等教育对学术深度与广度的追求，以及对各领域专业人才的培养。
日本大学（にほんだいがく、 Nihon University）是日本最大的国际性名牌大学。和27个国家1个地区的134所大学有海外学术交流活动。全校占地面积约31平方公里，相当于中国的澳门。图书藏书数600万册。日本大学出身的公司董事长数26085人，连续29年日本排名第1位。自创建以来，授予博士学位11507个，在日本私立大学中排名第1位。著名学部有法学，建筑，医学，航空，艺术，国际关系。