金鱼身上有黑斑，可能是黑斑病，可能是中毒，可能是水质问题导致，也有可能是转色未完成（金鱼一生中要转三次色的）。
1.金鱼黑斑病
病理分析：可以仔细看看它有没有拉白便，有没有肚子大，身子有没有烂，有没有长白毛等，如果有就是患病了。病原体主要是水霉菌和霉菌，寄生在鱼体的伤口和鱼卵上，是较常见的鱼病。病因主要是鱼体受伤、鳞片脱落、饲养不当、水体不洁等，导致病菌侵入伤口。
物理防治：在日常生活中要做好预防黑斑病的工作，比如说在捕捞、运输时小心一点，不要让金鱼受伤，避免受到寄生虫、病菌的感染。同时，在放养新鱼的水族箱里可投放少量食盐以抑制水霉的发生，在投放活饵料时要注意清洁消毒，这样也可以更好的保持水质清洁，隔绝水霉菌的生长，杜绝金鱼感染黑斑病。
其他防治：如果金鱼不幸已经感染黑斑病，那么可以尝试使用食盐250克加小苏打250克混合液泼洒于100*55*45厘米的鱼缸，需要坚持几天的药浴，其治疗效果是非常显着的。或者可以按照在100千克水中溶解孔雀石绿0.3克或次甲基蓝浸洗鱼体10～20分钟，又或者用2～3%的盐水浸洗金鱼身体，每天一次，每次5～10分钟。此外，还可以使用百万分之二的高锰酸钾加上1%的盐水混合后浸泡患病的金鱼，每次浸泡20～30分钟左右，其治疗黑斑病的效果也非常的明显。另外，还可以提高水温以抑制水霉的生长，并且可用一盏15瓦的紫外线灯每日照射数小时可有效的抑制和消灭水霉菌。
2.可能中毒
氨中毒：这是过滤硝化系统太弱造成的中毒现象。鱼的便便和分泌物都是氨源，如果硝化系统太弱水中的氨就会超标，加强过滤系统中的生化系统的比例，比如生物球、生化棉、陶瓷环等等，底滤或者滴流过滤等等。
药物中毒：药物中毒的金鱼会出现身上长黑斑的情况，像重金属盐类药物中毒的话应该及时换水，应当及时提高水的温度，使鱼的新陈代谢加快，使得鱼体内的有毒物质更快的排除，但是应该是情况而定，如果情况严重的话应该及时的去就医问药。
3.水质问题
水质问题可以分为两个方面，一是水质老化，二是水质突变。前者是因为水体氨氮过高，后者是因为季节温差大。
水质问题很简单，首先给鱼缸换水看看情况如何，同时在换水的时候要对鱼缸进行消毒杀菌，以免留下致病菌而做无用功，给金鱼一个健康消毒过的无菌环境。其次在确诊病因之后，进行针对性治疗，为金鱼杀菌消毒可以使用淡高锰酸钾溶液进行药浴，一般药浴的时间是15分钟左右，当然这期间还要根据金鱼的适应情况来确定药浴的时间，不要固定死而是要根据金鱼的实际情况来合理治疗。
外伤：金鱼的体表比较脆弱，容易受伤，如果受伤后没有及时治疗，就可能会出现黑斑。此时，饲养者需要立即给金鱼换水，避免伤口感染，同时可以在鱼缸内加入一些粗盐，抑制细菌的滋生。如果伤口比较严重，饲养者最好再给金鱼涂抹一些消炎药。
受惊：金鱼的胆子很小，如果有人用力拍打鱼缸或者是发生了较大的声音，那么金鱼很容易就会受到惊吓。受惊后的金鱼，身体颜色就有可能会变成黑色。此时，饲养者需要保持环境安静，避免金鱼受惊，同时可以给它们投喂一些增色的饲料，保持体色。
黑斑病：金鱼身上变黑还有可能是患上了黑斑病，引起黑斑病的主要原因就是细菌感染。患上黑斑病的金鱼，身体会出现一块一块的黑斑。此时，饲养者需要使用高锰酸钾给金鱼药浴，坚持药浴几天后，黑斑就会变浅。