由于内部控制环境、经营管理体制、运营机制等方面的制约和限制，目前我国商业银行内控能力与现代商业银行相比，仍有着较大的差距，对内部控制的认识仍存在错误或片面认识。
1、在控制环境方面仍存在经营管理指导思想偏差。对内部控制的认识和理解不够全面充分，重进展、轻经营管理，忽视内控经营管理，给商业银行内部控制机制的建立和完善造成了思想上的阻力。
2、内部控制的监督尚有不足。如产权制度改革仍然滞后，商业银行自我约束机制还没有真正建立起来，所有权与经营权尚未真正分离，更缺乏对董事会、经理层有效、公开的监督、评估机制。尚未建立强有力的利益制衡机制，在内部稽核体制方面也存在不合理状况。稽核机构独立性不充分，对于各级经营管理人员(特别是掌握一定决策权的经营管理人员)存在着控制盲点。
3、在内部控制的组织结构方面存在缺陷。各控制系统之间还存在着脱节现象，未能形成相互联系、相互依赖、相互制约的内控机制。全面控制存在着不均衡现象，影响了控制。由于动态控制比较薄弱。
4、内部控制行为的实施方面存在疏漏。表现在制度执行上，岗位自我约束机制制度不健全，有章不循，违章操作，有些创新业务相关制度尚未建立就盲目运作。缺乏严格的、经常性的检查，互相监督制度执行上也存在脱节状况，这些都增大了金融机构的经营危机。