物理灭菌法系指采用物理因素如温度、声波、辐射等达到灭菌目的的方法。加热可破坏微生物中的酶、蛋白质和核酸，导致微生物死亡。加热灭菌又分干热灭菌法和湿热灭菌法。在同一温度下，湿热灭菌的效果比干热灭菌好，是因为：①湿热灭菌时，有水分存在，蛋白质易变性；②湿热的穿透力比干热大；③湿热有潜热（汽化热）。
1.干热灭菌法
常用的有火焰灭菌法与干热空气灭菌法两种。
（1）火焰灭菌法 系指用火焰直接烧灼以达到灭菌的方法。将手术刀、镊子、药刀等通过火焰几秒钟即可。
（2）干热空气灭菌法 系指利用高温干热空气达到灭菌的方法。一般需160℃～170℃维持2h以上。本法适用于玻璃器皿、搪瓷容器及油性和惰性辅料，如液体石蜡、油类、脂肪类、滑石粉、活性炭等。
2.湿热灭菌法
本法是利用饱和水蒸气或沸水进行杀灭菌的方法。
（1）热压灭菌法本法系在热压灭菌器内，利用高压饱和水蒸气杀灭微生物的方法。该法是最可靠的灭菌方法。但灭菌应以保证药物不被破坏失效为前提，所以很多药剂不宜采用热压灭菌。热压灭菌法所需的温度及与温度相当的压力和时间，见下表。

常用的热压灭菌器有小型的手提式热压灭菌器、大型的卧式热压灭菌器等。热压灭菌法适用于耐热药物及其水溶液、手术器械及用具等物品的灭菌。热压灭菌器使用时应注意以下问题。①检查仪表：使用前应先检查压力表、温度表、安全阀等部件。②排尽空气：饱和水蒸气灭菌效力强于湿饱和蒸汽和过热蒸汽。为保证饱和蒸汽的获得，首先开启放气阀门将灭菌器内空气排尽，使压力与温度相符。③准确记时：一般先预热l5～20min，再升压和升温，达到预定压力和温度后开始计时。④灭菌完毕后，停止加热，待压力表指针降至零，打开放气阀，排尽器内蒸气，待温度降至40℃以下，再缓缓开启门盖。不可快速放气，骤然减压会导致容器爆裂和药液外溢。
（2）流通蒸气灭菌法和煮沸灭菌法 系指在常压下用100℃的水蒸气或用水煮沸以杀灭微生物的方法。灭菌时间一般为30～60min，可杀灭繁殖型细菌，但不一定能完全杀灭芽孢。适于含有抑菌剂药液的灭菌、1～2ml的注射剂及耐热品种的灭菌。
（3）低温间歇灭菌法 系指将待灭菌的物品先在60℃～80℃加热1h以杀死细菌繁殖体。然后再室温或孵箱保温24h，以使芽孢发育成繁殖体，再进行加热将其杀灭。如此操作三次以上，至全部灭菌。此法适于必须采用加热灭菌但又不耐高温的药品。应用本法灭菌的制剂，需添加适量的抑菌剂。
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