微生物的分类有细菌、病毒、真菌、立克次氏体、支原体、衣原体、螺旋体。
1、细菌
细菌（bacteria）也称真细菌（eubacteria），是一类个体微小、结构简单、细胞壁坚韧、多以二分裂方式繁殖的原核生物。根据其形态分为三类，球菌、杆菌和螺旋菌（包括弧菌、螺菌、螺杆菌）。
2、病毒
病毒是一种个体微小，结构简单，只含一种核酸（DNA或RNA），必须在活细胞内寄生并以复制方式增殖的非细胞型生物。
病毒是一种非细胞生命形态，它由一个核酸长链和蛋白质外壳构成，病毒没有自己的代谢机构，没有酶系统。因此病毒离开了宿主细胞，就成了没有任何生命活动、也不能独立自我繁殖的化学物质。
一旦进入宿主细胞后，它就可以利用细胞中的物质和能量以及复制、转录和转译的能力，按照它自己的核酸所包含的遗传信息产生和它一样的新一代病毒。
3、真菌
真菌（Fungus）是一种真核生物。最常见的真菌是各类蕈类，另外真菌也包括霉菌和酵母。现在已经发现了七万多种真菌，估计只是所有存在的一小半。大多真菌原先被分入动物或植物，现在成为自己的界，分为四门。
4、立克次氏体
立克次氏体（Rickettsia）是一类严格细胞内寄生的原核细胞型微生物。它以节肢动物为传播媒介，可引起斑疹伤寒和斑点热等传染病。
立克次氏体的细胞形态多样，大小介于细菌和病毒之间，直径仅为0.3-1μm。它们具有细胞壁，但革兰氏染色结果为阴性。立克次氏体的细胞壁为双层结构，含有细菌特有的肽聚糖，脂类含量较高。
5、支原体
支原体（mycoplasma）是一类没有细胞壁、高度多形性、能通过滤菌器、可用人工培养基培养增殖的最小原核细胞型微生物，大小为0.1～0.3微米。
6、衣原体
衣原体属于一种原核细胞型微生物，可以感染人体。衣原体作为一种微生物，从形态大小来看比细菌小，但是比病毒大，一般寄生在动物细胞内。
7、螺旋体
螺旋体（spirochete）是一类细长、柔软、弯曲呈螺旋状、运动活泼的原核细胞型微生物。在生物学位置上介于细菌与原虫之间。螺旋体在自然界中分布广泛，常见于水、土壤及腐败的有机物上，亦有的存在人体口腔或动物体内。