在二维散点图上，PI 和 annexin V 分别是X和Y轴。一般认为PI单染的细胞是已经死亡的细胞，annexin V 单染的细胞是凋亡早期的细胞，而双染是凋亡中期的。
需要在散点图上先画出4个象限，位置根据无染色的阴性细胞先定出左下象限。
Annexin V是一种检测细胞凋亡的试剂，在正常细胞中，磷脂酰丝氨酸只分布在细胞膜脂质双层的内侧，细胞发生凋亡早期，膜磷脂酰丝氨酸（PS）由脂膜内侧翻向外侧。
扩展资料：
用标记了FITC的AnnexinⅤ作为荧光探针，利用流式细胞仪或荧光显微镜可检测细胞凋亡的发生，正常细胞和早期凋亡细胞的细胞膜是完整的。
检测annexin V-FITC单染的细胞并检查FL1-FL2（或FL3）散点图，保证在左上和右上象限内没有颗粒。如果有颗粒出现在上端象限则说明有荧光渗漏；此时FL1的荧光被FL2 （或FL3）PMT检测到了。
为了纠正这种现象，增加FL1漏到FL2（或FL3）荧光的补偿%（这可能在1-5%之间）。如果这个调节没有有效地去除FL2的阳性信号，此时要降低FL2（或FL3） PMT的电压。
参考资料来源：
示例：
细胞用FITC-Annexin V / PI荧光双染细胞凋亡检测试剂盒检测效果图。
Jurkat细胞用1μM喜树碱(Camptothecin) (左)或未加药 (右)处理4h，FITC-Annexin V/PI荧光双染细胞凋亡检测试剂盒染色后，流式细胞仪荧光检测。
Annexin V-FITC单阳性细胞为早期凋亡细胞，Annexin V-FITC和PI染色双阳性的细胞为坏死细胞或者晚期凋亡。PI单染色阳性位裸核细胞。
实测数据可能会因细胞类型、细胞凋亡情况，检测仪器等的不同而存在差异，图中数据仅供参考。
流式检测细胞凋亡的数据分析方法：
1） 选中所有颗粒，将FSC和SSC设置成对数坐标轴模式备用；
2） 将横轴和纵轴分别设成Annexin通道和PI通道（7-AAD与此类似），选取双阴细胞群；
3） 在双阴细胞门中，将横轴和纵轴分别设成FCS和SSC，将数据呈现方式改为轮廓图，找到细胞碎片，划出碎片门，应用于所有细胞；
4） 在所有细胞中，反选碎片门，得到所有细胞；
5） 将横轴和纵轴分别设成Annexin通道和PI通道，参照未经药物处理的对照组，划出十字门，确定不同群细胞的比例。
你需要在散点图上先画出4个象限，位置根据无染色的阴性细胞先定出左下象限。
这个方法有很多假阳性，要注意。你在收集细胞时的方法，很可能造成细胞膜的损伤，导致细胞膜的磷脂层暴露，从而结合annexin V, 导致假阳性。本回答被提问者和网友采纳