第七班
领队：旗木卡卡西
●成员：宇智波佐助、漩涡鸣人、春野樱
也即卡卡西班由上忍中实力非凡的卡卡西带队。由于佐助是那一届忍者学校中的第一名，而鸣人则是倒数第一，为了平衡各组的实力，所以第七班才有了如此组合。第七班包括了三个主要人物，是整个故事的核心。特别是鸣人和佐助的亦友亦敌的关系更是故事发展的重要分水领。第七班的三人后来分别跟随三忍修行。鸣人师父自来也，佐助师父大蛇丸(后来杀死了他自立门户)，小樱师父纲手。 第七班的人比起第三班、第八班、第十班有更明显的改变和战斗力上的进步。
大和班
领队：天藏 (大和)
●成员：漩涡鸣人、春野樱、佐井(于台湾播出时，译为祭)
以原第七班人员为主，起初为了执行到天地桥和兜接头的紧急任务而临时组成的小队。来自暗部的天藏由于对尾兽有特殊的控制能力，接替因体力透支而暂时休养的卡卡西担任的领队。因为天藏此时代号“大和”，因此队伍定名大和班。再加上团藏授命原属暗部根的佐井加入，以执行秘密任务。后由于卡卡西接替死去的阿斯玛担任第十班的领队以及佐井自愿留下，大和班的成员基本固定下来。
第八班
●领队：夕日红
●成员：油女志乃、犬冢牙、日向雏田
也即红班。
第十班
●领队：猿飞阿斯玛
●成员：奈良鹿丸、秋道丁次、山中井野
也即阿斯玛班，第十班的教导方针是包容，因为他相信能够自立才是真正的成长，所以第十班才会成长。
第三班
●领队：阿凯
●成员：李洛克、日向宁次、天天
也即凯班。教学方针是要他们通过刻苦的训练，以展现青春的力量。
初代、二代目火影班
领队：初代火影、二代火影
●成员：猿飞、水户门炎、転寝小春
猿飞为初代、二代之学生，后来继承他们成为新一任的火影。为历代中最博学的火影，有‘忍者教授’之称，对木之叶忍村内各种忍术均了如指掌。他的弟子亦是历代中最优秀的一批，就是后来被称为‘木叶三忍’的三名忍者。他尤其喜爱大蛇丸，认为他是十年难得一见的奇才，一度想把火影之位留给大蛇丸，然而大蛇丸却背叛木叶,。当初因下不了杀手，而留下后患。及后在中忍选拔试举行途中，就被返归并发动袭击的大蛇丸所杀。水户门炎及转寝小春是三代火影过去的队友。现在是木叶村议事会的成员，负责村子中大事的决策。他们同样对鸣人并无太多好感，并限制鸣人外出执行任务，担心鸣人被晓抓住后会引起灾难。
三代目火影班
●领队：三代目火影
●成员：自来也、大蛇丸、纲手
三代目火影猿飞的三个学生，自来也、大蛇丸、纲手由于实力非常强大，被称为传说中的三忍。三忍中大蛇丸被称为天才，最富野心。他先派人杀死风影，后更甚至亲自杀死了自己年迈的老师猿飞。自来也曾是大蛇丸非常好的朋友，但最终遭到背叛。而纲手则成为五代目火影。他们亦分别有自己的学生--从前他们的学生分别有四代目火影波风皆人(自来也学生)，静音(纲手跟班)及御手洗红豆(大蛇丸弃徒)。及后他们的新徒弟均是来自卡卡西班。自来也教授跟自己相似的鸣人忍术，纲手指导樱医疗忍术、强力体术，还有锻链其物理攻击能力;而大蛇丸则积极培训佐助成为自己未来的容器(最后大蛇丸被佐助干掉)、教导运用遁术。
‘木叶三忍’称号
在漫画第369回中，自来也、大蛇丸、纲手在忍者大战时，曾与雨忍村头目‘山椒鱼半藏’对战;因为三人与这名强敌对决而不倒下，故被对方冠以‘木叶三忍’的称号
四代目火影-波风班
●领队：四代目火影(波风皆人)
●成员：旗木卡卡西、宇智波带土、琳
在小队中，卡卡西是被誉为天才的忍者，以很年轻的年纪就当上了上忍。和鸣人那组则好相反，来自优秀的宇智波一族的带土并不是队中的菁英，而且是个个性比较胆小，易哭的人，故常被卡卡西耻笑为爱哭鬼。因此宇智波带土和卡卡西虽在同一队，但彼此的性格也不是非常合得来。不过，带土虽然比较胆小，却对同伴很重视，宁可放弃任务也要先救伙伴。反而卡卡西却因父亲旗木佐久茂在过去战斗中，因选择保护同伴而背弃任务，导致木之叶忍村受到严重打击，而受村人仇视含恨自尽之事记忆犹新。故此他的性格亦相对比较重视任务的完成，认为为了任务，同伴的牺牲亦在所难免。宇智波带土常常迟到及找籍口的习惯，对于少年的卡卡西来说，认为是违背忍者的原则;然而后来成为鸣人师长的卡卡西，却学了他这种习惯。至于琳，是位医疗忍者。对同伴非常温柔，卡卡西和带土受伤时就是最好的支援。她亦是带土暗恋的对象。
鹰小队
●领队：宇智波佐助
●成员：鬼灯水月、重吾、香磷
基本上是佐助杀掉大蛇丸之后所成立的队伍，原称‘蛇’小队。成员包括水月；重吾；香磷。各成员拥有不同实力，故可称得上是实力平均的组织。队伍不像从前第七班的小队一样，能建立友谊感情，基本上是各自有自己的目的。其成立初期，是以追杀宇智波鼬为目标；鼬死后，改称‘鹰’小队，以消灭木叶高层为依归，并决定和‘晓’联手，追捕尾兽。
守护十二士
卫火之国大名的十二名忍者。其中六人挑起叛变，与另外六名互相战斗，而正派方面守护十二士中的雷遁四人组使用雷遁·雷梦雷人消灭反派叛变的五名后死去，剩下和马由猿飞阿斯玛补上致命一击，但并没有死去，而和马留下一子，名为空，留在火之寺跟随地陆修行，具有和鸣人一样的人柱力力量。
已知成员有猿飞阿斯玛、地陆、阵雨、星斗、成马、北根、和马。
猪鹿蝶
奈良一族、秋道一族和山中家连续两代结成的三人组。山中家为“猪”，奈良一族为“鹿”，秋道一族为“蝶”。一起组成了传说中的"猪鹿蝶"组合
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