毋庸置疑，你一定要选择上海交通大学的软件工程
原因有下：
北京航空航天大学只是在北方学子的眼中有着十分大的名气，而且有着极高的分数。事实上这只是一所以航空航天为特色的专业性大学，他的理工科比较好的只是一些与航天相关的专业。你知道，在北京的学校，分数都远远高于它实际上应该的分数，因此谈不上大学的性价比。
与上海交大相比较，虽然二者理工科都不错，但是北航综合起来与上交差了一个档次。上海交大在国际上有着很大的名气，而北航仅限于航天方面吧。而且，上交在全国的分数都相差不多，不存在地区差异。
接下来说软件工程，可能大家都认为北航的软工排名比较高，比较知名吧，实际上排名往往反映的是他的科研能力，而不是你在本科阶段学习的好坏。我本科是计算机科学与技术专业，跟软工近似的专业，我对此认识较深，所以排名什么的都没什么用，而交大，得益于他的知名度，它的教学质量和学生水平，在就业和保研上绝对有比北航的优势。
希望能帮到你
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