首先，需要明确的是，知网论文查重系统是由中国知识资源总库有限公司开发和维护的一种软件工具，旨在帮助研究生进行学术论文的查重工作。该系统通过对已有的学术文献进行比对，检测出论文中可能存在的重复和抄袭问题，为学术研究提供了有效的保障。
然而，关于是否必须填写真实姓名这一问题，目前还没有明确的规定。有一些学校要求研究生在论文查重时填写真实姓名，这主要是为了确保查重结果的准确性和可靠性，以及防止学术不端行为的发生。另一些学校则认为填写真实姓名并不是必须的，只要能够保证论文的唯一性即可。
对于是否必须填写真实姓名这一问题，存在着不同的观点和争议。支持必须填写真实姓名的人认为，这样可以更好地追溯和核实论文的来源，防止论文代写等学术不诚信行为的发生。而反对必须填写真实姓名的人则主张保护学术作者的隐私权，认为学术研究应该注重的是学术质量而不是作者的个人身份。
无论是否填写真实姓名，研究生毕业论文查重都是非常重要的一环。该系统的目的是为了保护学术研究的公正性和真实性，以及学术界的道德规范。无论是填写真实姓名还是使用代号，都应该遵守学术道德和学校的规定，并且诚实守信地完成学术研究和撰写论文工作。