大连市港口与口岸局为正局级建制的市政府工作部门，职能包括原大连市港口管理局的职能、原大连市交通口岸管理局的口岸工作和物流管理职能以及中共大连市委口岸工作委员会工作职能。主管全市海港、空港（以下简称港口）、港政、航运的行业管理和规划建设工作，主管全市的口岸和现代物流业工作以及交通运输指挥工作。
大连海关是国家设在大连口岸的进出关境监督管理机关，受海关总署垂直领导，代表国家依法执行监管、征税、查私、统计等四大任务。
两个是完全独立的系统，可以说，海关是建立在口岸建设基础之上的独立执行机构，类似中央机关在北京，与北京市政府是两套完全不同的班子一样。
追问大概明白了，也就是说大连港口与口岸局是归大连政府管，而海关是归中央直接管理呗。
另外两者的待遇问题如何？
追答海关就像特区，待遇自然要好很多。