1．企业财务内部控制制度尚未形成完整的体系
近几年来，随着我国经济的快速发展，企业面临各种各样的新情况、新问题，对企业财务内部控制的要求越来越高。在这种情况下，企业原有的内控制度已难以覆盖所有的风险点，迫切需要新制度来加强内部管理，但企业无法在短时间内形成完善充实的新型内部控制制度，只能在原有制度基础上不断改进，给企业的发展留下风险隐患。同时，我国企业的会计基础工作比较薄弱，直接限制了财务内部制度发挥作用。在实际工作中，企业制定的财务内控制度缺乏科学性，主观因素较多，内控人员的岗位职责划分模糊，相关控制程序也不规范，从而使得内控制度流于形式。不健全的财务内部控制制度直接造成企业财务内部控制失控，使得财务内部控制应有的功能丧失，企业内部治理机制异化。
2．内部自我评价和监督机制缺位
企业财务内部控制制度不仅应该拥有科学合理的控制方法和程序，还必须具备自我评价和监督机制，在监督内部制度有效运行的同时，不断规划和完善财务内控制度，以满足企业不断变化的生产经营管理活动需要。目前，我国企业偏重于设计财务内部控制的控制手段，而往往忽略缺乏对财务内部控制的自我评价和监督。一方面，企业虽然建立了相对完善的内控系统，但无法对其正常运行进行检查和评估，可能会导致财务控制系统失效；另一方面，由于受到内部监管体制和内审人员素质的制约，企业的内部审计管理趋于形式化，审计部门单位模糊，审计监督责任不明确，无法对内控制度进行有效监督。
3．财务预算管理缺乏科学性和实用性
对于企业的财务内部控制来说，只有制定和切实执行完整有效的预算管理机制才能保证整个财务内控的效果，预算管理制度是财务内控的骨架和精髓。面对瞬息万变的市场环境，我国企业普遍制订了预算制度，但财务预算缺少时效性和准确性，各部门的财务预算也缺乏沟通和交流，亟待改进。首先，企业的预算管理仅仅关注于生产经营阶段，强调生产成本的节约和控制，而缺乏全面预算观念，忽略了完整财务预算指标体系的建立和完善；其次，没有相应的跟踪、分析和评价制度来对预算的执行进行监督，从而无法衡量预算完成情况和执行效果，使得企业预算流于形式；再次，对预算执行的考核手段陈旧，单一的激励方式也难以调动员工的积极性。
4．企业内控信息传递滞后
市场经济条件下，企业经营的目的是为了实现企业价值的最大化，这需要各个部门密切配合，加强沟通和合作。对于许多企业来说，由于规模不断扩大，管理层次的不断增加，使得不同管理层次之间、相同层次的不同管理部门之间的信息收集和交流日益困难。在传统的信息管理体制下，信息的传递速度降低，而传递成本不断提高，严重制约了企业的生存和发展。由于信息传递手段滞后，使得内部控制的信息交流缺乏畅通的渠道，信息失真现象严重，无法实现全面、准确、快速传输信息的目标，难以共享相关内控信息。在这种情况下，内部控制的程序和措施没有较好地贯彻到财务部门，使得内控效果大打折扣。
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