两所学校各有各的特点，评价好与不好和个人的观点角度不同，要结合自己的志向选择。下面介绍二者的主要区别：
一、学校特色不同
1、合肥工业大学
世界一流学科建设高校（2017年9月入选）、211工程（2005年入选）、全国重点大学（1960年10月入选）、省部共建高校、高等学校学科创新引智计划（2006年入选）、卓越工程师教育培养计划（2010年）。
2、大连海事大学
211工程（1997年）、111计划（2006年）、卓越工程师教育培养计划（2011年）、卓越法律人才教育培养计划（2012年）、世界一流学科建设高校（2017年）。
二、院系设置不同
1、合肥工业大学
设有机械工程学院、材料科学与工程学院、电气与自动化工程学院、计算机与信息学院、土木与水利工程学院、化学与化工学院等23个学院（部）。
2、大连海事大学
设有航海学院、轮机学院、交通运输管理学院、装备与海洋工程学院等21个二级院系部。
三、学校规模不同
1、合肥工业大学
截至2021年3月，学校占地总面积5千余亩，在合肥市设有屯溪路校区、翡翠湖校区、六安路校区和合肥工业大学智能制造技术研究院，在宣城市设有合肥工业大学宣城校区，有专任教师2100余人，在校全日制本科生3.26万余人。
2、大连海事大学
截至2021年3月，学校占地面积136万平方米，校舍建筑面积90万平方米。有专任教师1442名，在校本科生、研究生共计2万余人。
四、学校历史不同
1、合肥工业大学
学校创建于1945年，几易校名，1958年正式定名为合肥工业大学，1960年中共中央批准为全国重点大学，历经与安徽工学院、安徽水利电力学院合并重组，先后隶属高教部、机械工业部、机械电子工业部、教育部管辖。
2、大连海事大学
大连海事大学前身是1909年设立的邮传部上海高等实业学堂船政科，1953年，由东北航海学院、上海航务学院、福建航海专科学校合并成立大连海运学院。1994年，大连海运学院更名为大连海事大学。
以上内容参考 百度百科-合肥工业大学、百度百科-大连海事大学
合工大的车辆、土木、建筑、机械设计等都很好。教育部直属的211院校
大连海事的港口航道、航运等与航运有关的很好。也是教育部直属的211院校
就像小舢板对航母，如果你家住在合肥不想出去，那就选前者啦