十六世纪的大明国，举国上下都生活在和平安逸之中，而一衣带水之隔的日本岛国却处在纷乱征讨的战国时代，各地大名除了依仗军队在战场上拚杀之外，还暗中发掘培训以忍者为中心的忍者部队，从事暗杀和谍报工作。
第一话：忍者的试练
子正八年，平静的伊贺丹波村中，非常著名的忍者百地丹波的女儿天心正在练剑，她父亲的好友服部半藏提出了邀请，将介绍忍者的工作给她，这时一位甲贺流的忍者猿飞加乃出现了，她要与天心展开一场忍者的试练，看谁能用最短的时间完成德川家交给的任务。
第二话：潜入彩云的官邸
任务是在铃鹿有一间彩云的屋子，潜入屋里偷出家传的法术书，然后拿着这本书抵达冈崎。天心在得到弥助的护身符后，天心迈步离开了伊贺，往北来到铃鹿，往西北进入彩云宅，将右上方的箱子往下推，下边出现一个楼梯，沿梯爬下进入密室，由挂轴后面走进去，穿出大门，这时又返回到原来的屋子，只是左边的大门已被打开，走进去发现屋内有一名僧人（彩云），而加乃已被他击昏在了地上，天心拨剑上前被彩云一招击败，她知道自已的实力与他相去甚远，便抓起地上的加乃逃出了这间屋子。
加乃醒来后还是怀疑天心的用意，天心仍对她百般照料。加乃决定先去甲贺，如在那里能学到鬼六的技巧的话，或许还有取胜的可能，天心只得随加乃离开了铃鹿。
第三话：鬼六
出铃鹿北行穿过大片森林，在琵琶湖东边来到了甲贺，往左走找到鬼六的家，加乃上前询问却无人应答，错愕间鬼六老人已晃到了她的背后当天心醒来后，鬼六答应兑现曾向加乃双亲许下的诺言，教给两人技击之术昏暗的灯火下，鬼六又想起了在长条之战中阵亡的加乃父母。
第二天，天心和加乃在鬼六的指导下开始了修行，这时要将快速移动的光标停在右边的黄条上，然后再停到左方的红条上，成功后修练即告结束。两人在与老色鬼鬼六告别后，离开了甲贺返回铃鹿。
第四话：绝不认输
来到铃鹿回到彩云宅，再次潜入地下的密室，见到彩云索要法术书不成，两人联手将其杀败，彩云很是惊讶两人的进步速度，说出其不意了法术书的存放地点，在加乃取得法术书后彩云借遁法逃走，说以后还会在冈崎会面。而加乃拿着法术书也快速离开了密室，天心回过神来不由大叫一声------“法术书！”
第五话：何谓忍者
出了铃鹿往东北绕过尾张，南行进入冈崎，往北过桥来到半藏门前，在与卫兵对话后，得知加乃已早到一步了，伤心之余天心不肯服输，她让爱犬子龙在宅外等候，自已趁天黑潜入了半藏府内。往里走可以在酒室找到三只特别的酒瓮，推动中间的那只，这时里间的暗道打开了，进入里间从架子左侧进入暗道，从房间右下角穿出去进入第二个房间见到彩云，彩云似乎早就料到天心的到来，与之对话后方知这一切都是半藏大人策划的，说着将天心领到了里面的房间。
当天心见到武服半藏时，加乃也在屋子里，半藏已经了解了事情的真相，对加乃微言责怪，忍者如果连自已的伙伴都无法信任，又如何胜地任危险而又艰巨的任务呢？在忍者面临危险的时刻只有伙伴才是唯一的精神支柱。加乃虽有不足，天心也并不完美，于是半藏将两人同时收入帐下，让她们互相协助去完成所指派的任务。
第六话：小泉登场
第二天，半藏向两人交待了一项任务，让她们到滨名湖畔的渔屋中去打探一下情况。往东来到滨名湖南岸找一渔民小屋，里面并没有什么异样。到湖边逛到天黑再返回去，天心恶作剧地说里面有幽灵，加乃大惊失色说话的声音也不由地颤抖了。进入小屋，在屋中突然出现了一位白发女孩，加乃惊恐地躲到了天心身后。这时真的有亡灵附身到那女孩身上，说自已本是武田的将领，武死在三方原，现在求天心去办一件事，在湖边有间小庙现正被德川手下的亡命之徒占据着，让她去将它夺回来，在办完事之前加乃由它们看管。
无奈中天心和小泉出了渔屋往东走，找到祠堂后发现大门已被封住，小泉上前打开了封印，在里面和亡灵谈判去没有什么结果，于是两人联手击败了亡灵。返回小屋，幽灵又附到小泉身上向天心道谢，并将加乃还给了两人。小泉走后，天心疲累之极不由伏在地上睡着了。
第二天加乃叫醒了天心，却不承认昨天看到幽灵的事。只说那是一场梦境而已，天心只得唯唯称是。就在这时一名忍者推门而入，向两人传达了新的任务：在江洲的杂贺有一批人开发了一种叫大炮的东西，现命两人想办法将设计图弄到手。
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