圆顶龙和肿头龙的主要区别是，科目分类不同、形态特征不同、生活习性不同，具体如下：
一、科目分类不同
1、圆顶龙
圆顶龙是已经灭绝的蜥脚类恐龙，属蜥臀目、圆顶龙科。
2、肿头龙
肿头龙是生活在六千七百万年前鸟脚类恐龙的一种，属鸟臀目、厚头龙科。
二、形态特征不同
1、圆顶龙
圆顶龙代表了蜥脚类的一演化支系，形态上与蜀龙有很多相同之处。表现在外形上，主要是脖子比躯干长不了多少，而躯干很壮。其实，这类动物最大的特征是头骨上开孔大，结构较为轻巧，两个鼻孔分别开在头骨的两侧，口中生着勺形的牙齿。
圆顶龙已是一种较为进步的蜥脚类，不仅体形大，体长可达18米，体重可达30吨，而且在骨胳上已演化出协调巨大体重的结构；腿骨粗壮圆实，适于承重；脊椎骨坑凹发达，显得轻便。
2、肿头龙
肿头龙头的周围和鼻子尖上都布满了骨质小瘤，有的个体头部后方有大而锐利的刺，它的牙齿很小但很锐利。它的头颅为厚达23厘米厚的骨板覆盖，而头颅背部覆以突起的构造，有一些钉状突起长达13厘米，体长约4.5米。
肿头龙的颅骨后面有一个突出的骨质棚，厚度约25厘米，形状像保龄球。肿头龙的颈部短而厚实，前肢短而后肢长，身躯不太大，坚硬的骨质尾巴由肌腱固定，可能十分沉重。
三、生活习性不同
1、圆顶龙
圆顶龙是群居动物，它们不做窝，而是一边走路一边生小恐龙，生出的恐龙蛋形成一条线。圆顶龙还是草食动物，吃东西时，它们不嚼，而是将叶子整片吞下，它们吃蕨类植物的叶子以及松树。圆顶龙有个非常强壮的消化系统，它会吞下砂石来帮助消化胃里其它坚硬的植物，食植物的圆顶龙腿像树干那样粗壮，可以稳稳地支撑起它全身巨大的体重。
2、肿头龙
肿头龙可能喜欢过群体生活。成年雄性个体通过撞头确定群体的领袖。在繁殖季节，它们也可能以这种方式决出胜负，胜者与雌性个体交配。不过肿头龙的厚头部并不能帮助它抵抗掠食者的袭击，它有敏锐的嗅觉和视觉，当发现敌人时，会快速逃离。
目前，人们还无法确定肿头龙到底吃些什么食物，因为与同时代的鸭嘴龙类恐龙和鱼龙类恐龙不同的是，肿头龙的牙齿比较锐利，但小而有脊。这样的牙齿不能够嚼烂纤维丰富的坚韧植物。所以肿头龙的食谱上可能包括了这样一些食物种类，如植物种子、果实和柔软的叶子等，甚至当时的昆虫也可能是它的食物之一。