根据《中华人民共和国发票管理办法》第二十一条规定：所有单位和从事生产、经营活动的个人在购买商品、接受服务以及从事其他经营活动支付款项，应当向收款方取得发票。
因此，公司在支付工程款时应当索取发票。按照《营业税暂行条例》规定，建筑业劳务的纳税地点为建筑业劳务发生地缴纳营业税，因此，施工单位应当在建筑项目所在地开具发票或向建筑项目所在地主管地税机关申请代开发票。
【拓展资料】
代开发票的流程和资料要求：
一、纳税人到建筑项目所在地主管地税机关办税服务大厅领取并填写《代开发票申请表》一份
二、纳税人应提供资料
1.需出示的资料
1）申请代开发票人的合法身份证件
2）税务登记证（副本）原件、复印件
2.需报送的资料
1）付款方对建筑劳务品名、单价、金额等出具的书面确认证明，或建筑安装合同；
2）异地施工的，施工单位机构所在地主管地税机关开具的《外出经营活动税收管理证明》。
三、税务机关承诺时限
提供的资料完整、填写内容准确、各项手续齐全的，当场办结。
四、税务机关采取“先缴税、后开发票”办法，普遍采用一窗式服务，即，一个窗口完成缴税、代开发票事项。综合税率大约在5.8%左右，各地不一。工程款发票也称为“建筑业发票”，凡从事建筑业应税劳务的单位和个人在收取工程（结算）款项时，必须开具税务机关统一印制的建筑业发票。
建筑业发票按照使用对象不同分为建筑业统一发票（自开）和建筑业统一发票（代开）两种。其中，建筑业自开发票由自开票纳税人领购和开具；建筑业代开发票由税务机关代开，非税务机关以及其他单位不得代开建筑业发票。
建筑业发票为电脑三联式发票。第一联发票联作为付款方的付款凭证，颜色为棕色；第二联记账联为收款方记账凭证，颜色为红色；第三联存根联为收款方留存凭证，颜色为黑色。
温馨提示：答案为网友推荐，仅供参考