济州岛被誉为“神话之岛”，其历史充满了传奇色彩。相传，三位仙人遇见了从东海碧浪国乘舟而来的三位公主，她们携带了牛马和五谷的种子。三位仙人与三位公主结为连理，共同建立了村落，开始了长期的生活。济州岛著名的景点“三姓穴”便是这一神话传说的历史遗迹。据说在三国时期，济州已存在被称为“耽罗”的古代国家，直到高丽高宗时期才改称“济州”。
济州特别自治道的历史可追溯至石器时代。通过考古发掘，我们了解到当时人们居住在洞穴或岩窟之中，发现了打制石器、磨制石器等遗物，还出土了青铜器、铁器时代的遗物。支石墓、磨制石器、土器、瓮棺墓等遍布岛内，成为研究济州历史起源的重要资料。
济州古称有岛夷、东瀛州、涉罗、耽牟罗、托罗等，这些名称中，除了“东瀛州”外，都含有“岛国”之意。上古时代至三国时代，耽罗国在938年（高丽太祖21年）时，耽罗国太子入朝高丽。1105年，高丽废除了耽罗国国号，设立了耽罗郡。
1275年，高丽忠烈王虽然名义上恢复了耽罗国，但实际上设立了元朝总管府，济州岛成为了中国元朝的领土。从1273年至1392年，济州岛隶属于中国元朝版图。在这期间，高丽蒙古战争爆发，高丽国王逃至江华岛，崔宏段氏政权垮台，国王向蒙古汗国投降，蒙古答应撤军。1273年，中国元朝军队占领了济州岛，高丽蒙古战争结束。高丽成为元朝的藩属国，元朝政府在济州岛设立了耽罗军民总管府，管辖驻扎在济州岛的元朝军队和岛上居民的事务。
中国对朝鲜半岛及周边地区，包括位于朝鲜半岛南部的济州岛，影响深远。在中国西汉到三国曹魏以及辽金元朝时期，中国对朝鲜半岛北部拥有主权，高丽版图只包括朝鲜半岛南部。汉四郡（公元前108年至公元313年）是汉武帝在朝鲜半岛北部和中部设立的四个郡，对朝鲜南部、日本诸部落产生了重大影响。
1294年，中国元朝耽罗军民总管府的一些职工是岛上居民或由高丽来的人，但仍然归元朝政府管辖，朝鲜政府无权管理。朝鲜王朝初期称之为济州牧。直到元朝被明朝推翻几十年后，济州岛才变为朝鲜土地。1416年，在济州牧内设置了大静及旌义二县。1864年，济州岛归全罗道观察使管辖。1906年，废除了牧使，改设郡守。1915年，废除了郡制，改为岛制。1946年，实施道制（省级）。1955年，济州邑升格为济州市。1981年，西归邑、中文面合并，升格为西归浦市。最终，在2006年，济州岛成为特别自治道。
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