甘南林场位于大兴安岭东南麓的末端丘陵与嫩江平原交接区域，其地形以平原为主，地势较为平坦，起伏在2°至7°之间，海拔高度在180至200米之间，展现了开阔而平坦的自然地貌。
水系方面，甘南林场紧邻音河水库，这座水库拥有巨大的储水量，达到2亿立方米，是黑龙江省第二大水库，为林场提供了丰富的水资源。
气候特征属于中温带大陆性季风气候，季节变化明显。冬季寒冷漫长，春季风大且干燥，夏季则高温多雨，秋季气温骤降，早霜频繁。年平均气温为2.6℃，最高气温可达39℃，最低气温低至-35.4℃。降雨量平均每年455.2毫米，蒸发量较高，为1499.8毫米。日照时数每年约为2791.7小时，积温在2260℃至2980℃之间，无霜期大约120天到160天不等。
土壤类型主要以黑土和黑钙土为主，为林场的植被生长提供了良好的基础。林区植被以草原草甸为主，其中西山和场部营林区的人工落叶松、杨树和樟子松构成了主要的乔木群落，而泉眼营林区则以天然次生林中的柞树和山杨为主，这些丰富的植被为林场增添了生机和多样性。
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