一、性质不同
1、菏泽第一中学，始建于1903年（清光绪二十九年），初名曹州官立中学堂，历经山东省立第六中学、冀鲁豫边区一中等主要发展阶段，1954年改为现名。
2、菏泽市第二中学创建于1951年，位于山东省菏泽市牡丹区，是一所环境优美、条件优越、学风浓厚、特色发展、成绩斐然的市、区两级重点高中。
二、师资力量不同
1、菏泽第一中学：目前有教职工907名，其中有正高级教师2人，特级教师5人，全国优秀教师1人，省级优秀教师5人，高级教师208人，全日制研究生学历教师385人。
2、菏泽市第二中学：现占地230亩，在校生7100余人，教职工426人。教师本科学历达标率93%，其中具有高级职称者73人，中级职称者125人，全国优秀教师3人，全国骨干教师6人，省级优秀教师3人，具有研究生学历者11人。
基础设施
菏泽一中现占地1000余亩。在编教职工907人，在校生11000余人，设150余个教学班。为拓展百年育人业绩，2001年5月，又成功创建了菏泽一中南校区。
菏泽一中南校区占地460亩，总建筑面积11万平方米，投资1.2亿元，招生规模8000人，在校生6200人。2014年菏泽一中校本部迁往南校区，同时东校区建成投入使用。
学校图书馆藏书12万册。仪器设备齐全，设有高标准的理化实验室、微机室、语音室、演播室、多媒体教室，基本上实现了教学、管理手段的现代化。
三中的都是坏学生这种说法是不对的，不能以偏概全。不管是一中二中还是三中，只要努力学习，都有希望可以考上好的大学。
菏泽一中（菏泽市第一中学）和菏泽二中（菏泽市第二中学）的区别有：
1、创办时间不一样：菏泽市第一中学创办于1903年（清光绪二十九年），菏泽市第二中学则创建于1951年。二中比一中晚了48年。
2、面积不一样：菏泽市第一中学占地610亩，建筑面积16万平方米，菏泽市第二中学占地230亩。从占地面积上来看，一中要比二中的面积要大一些。
3、地址不一样：菏泽市第一中学本部位于菏泽市人民路907号。菏泽市第二中学则位于菏泽市曹州西路55号。
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