明朝建国之初，即洪武元年（1368年）八月，朱元璋下诏将金陵定为南京，大梁（也就是今天的河南开封）定为北京。洪武二年（1369年）九月，朱元璋又出于私心，将自己的家乡也就是今天的安徽凤阳定为中都，这样就形成了两京一都的格局。
可是，南京虽然地势形胜，但毕竟偏安一隅。在明朝建国之前尚可作为指挥中心，进能征伐四方，夺取天下，退能据守长江天险，是符合当时战争的形势的。可统一全国以后，金陵的位置无法统筹全国布局，所以朱元璋并不能完全满意。所以，他又将大梁和凤阳定为北京和中都，弥补南京的不足，作为都城的备选项。
凤阳完全是因为太祖的家乡才被纳入考虑范围内的，它地域封闭、资源匮乏、灾害频发，显然不适合作为都城。大梁作为宋代的古都，在位置上相比偏北，只是期望作为控制北方的一种权宜之策，当时四面受敌，也不适合作为都城。相比之下还是南京更适合作为都城，所以最终两京一都的格局瓦解，南京的都城地位正式确立的下来。
后来也考察过西安、洛阳、北平这些地方，但是这个时候太子朱标病逝，朱元璋也老了，对此事力不从心。何况当时的南京占据着人口和经济优势，北方又有藩王镇守，一切都很安定，朱元璋不想折腾了，定都之事也就告一段落。
之后继位的建文帝朱允炆并未关注都城之事，两京制开始形成是在明成祖朱棣时期。朱棣通过靖难之役，从封王的燕地起兵，从朱允炆手中夺取了帝位。他即位以后，便着手迁都北京。
一是因为他自己的兴王之地是北京，毕竟是夺来的皇位，与正统观念不符，迁都北京能够削弱建文帝的影响，稳固自己的统治。二是北方由于朱棣的大力削藩，造成边防空虚，蒙古残余势力侵扰，边境不宁，定都北京可以亲自镇守边关。三是作为元朝的大都，能够继承元朝版图，建立一个以北京为中心的天下秩序。
迁都北京后，因为考虑到江南地区的财富，所以还把南京保留着。后来仁宗、宣宗继位时，又对都城的选择造成了反复。这与当时的经济原因还有皇帝的个人情感不无关系。但是最终在英宗继位以后，以北京为首都、南京为留都的两京制才最终确立下来。
明代两京和以前的朝代不同的是，南京留都是保留有一套完整的行政机构的，也就意味着存在两个朝廷。要弄清楚会不会造成混乱，就需要我们了解这个制度是怎么运行的，尤其是南京的“朝廷”和北京的朝廷的管辖范围。
南京也有一套完整的行政机构，表面上看，他们和北京的机构一样都是中央的，官员也可以叫做京官，但是其实没有实权，还是受到北京的管制和监督的。
留都南京的机构事实上行使的权力只能管南京还有南直隶地区，一般来说其他的地区它是管不到的。他的六部只管南京的事务，实际上相当于地方机构。北京就不一样了，北京的六部掌管着天下各个地方（包括南京和南直隶地区）的事务，所以在机构管辖上南京就受到北京的制约。