菜园坝扼渝中区的咽喉部位，火车站、长途汽车站让这里成为了客流、商贸集中地。上世纪90年代，重庆站周边逐渐形成了水果、摩配、木材、皮革、图书、塑料等七家大型专业市场。交通混乱、鱼龙混杂、环境较差等问题，也成为了硬伤，而其较为破旧的设施等，也与城市发展显得有些脱节。
2009年，重庆市政府获悉成渝高铁的始发站设在菜园坝后，决定以此为契机对菜园坝地区进行整体改造，并将其作为主城区重点功能性建筑群，交给市发改委牵头落实。2010年3月全国“两会”期间，重庆市政府与原铁道部签订部市合作协议，合作改造菜园坝地区。
2010年3月底，重庆市渝中区政府、重庆市规划局向全球征集重庆市高铁站场地区（菜园坝地区）概念性改造方案。此次方案征集菜园坝地区五方面的设计内容：城际高铁站场改造、站场上盖物业建设、地区交通更新、地区城市整体更新、周边环境整治协调及地下空间的利用与挖掘（包括滨水地区的利用和景观协调），以期改变菜园坝地区交通混乱状况，并整合土地资源。
2010年7月，由于亲水岸线的设计和站场综合利用较好，由德国HPP公司领衔的概念性设计方案获得评审通过，并由该公司进一步落实具体方案。依据该方案，改造后的重庆站站场主体是一栋上部镂空、类似铜钱的圆形建筑。一条大型步行通道，将建筑从地面平层对穿。在圆形建筑内部中间区域，通过电梯，直通到地下的火车站台。改造后的菜园坝地区，产业档次同步升级，变身为重庆旅游集散中心和高端商务总部基地。
车站建成后，进入重庆站的列车在龙家湾隧道附近通过下穿隧道进入地下站台。同时，圆形主体建筑面向长江一侧出口将修建两座过街天桥，乘客出站后可直接步入大型亲水广场公园。站外将修建一条大道，通过电动扶梯和步道，旅客将很快进入两路口的轨道交通换乘中心。在火车站场区域内，还规划了大型的出租车站台和公交站台，与火车站形成无缝衔接。
2010年9月，成都铁路局重庆火车站负责人在重庆市市政委召开的窗口地区环境整治协调会上表示，重庆站将于2011年春运结束后开始实施封闭改造。 但此后，重庆站改造工作几度推迟。2012年12月，重庆市发改委相关负责人透露，重庆站原来的“铜钱”状改造方案虽然通过了评审，但在实施过程中面临困难，因此将重新征集改造方案。目前，重庆市发改委正在制定新的改造方案。
