第三类生物灾害，即微生物灾害，可谓是最直接、又最为恐怖的了。这些最为细小最为原始的病原微生物能以各种不同的方式传播疾病，引起人或其他动物死亡。据粗略统计约有1000多种细菌、病毒、立克次体、螺旋体、寄生虫等病原体在威胁着人类的生命。它们所引起的传染病每一次暴发和流行，都给人类带来一场可怕的灾难。14世纪欧亚两洲的鼠疫暴发，18世纪欧洲的天花、结核病肆虐，1918年全球流感大流行，死亡人数都在数百万甚至上千万，超过了任何一场其他自然灾害。
从人类诞生之时起人们就开始与各种疾病作斗争，人们运用各种药物或其他手段杀灭病原体，阻断传染病的传播。然而“道高一尺，魔高一丈”，各种病原体也在不停地变幻嘴脸，在适应了旧的药物之后，以更加凶恶的面目卷土重来。几乎每年暴发的流感便是如此。这种病毒使得人们生产的新疫苗总是落后于它的变异。另外，一些新的病原体又不断给人们带来从未见过的传染病。2003年，令全世界都震惊的“非典”疫情曾给中国人带来极大的恐惧，人们至今还未完全解开这一可怕瘟疫的谜团。如今原有的200多种传染病虽然人们大多已能控制和治疗，可它们在一些局部地区还不时爆发，如霍乱、结核病、登革热、疟疾等还在引起一次次生命的浩劫。还有一些疾病，人们至今还没有有效治疗的办法，比如艾滋病、埃博拉病等。