整枝修剪主要用于以果实入药的木本药用植物。在其生长发育的不同时期，常常出现生长与结果不协调现象，如大小年、落花落果等。实践证明，通过适当修剪可以起到调节的作用。正确的整枝修剪可以调整个体与群体结构，更有效的利用空间，改善光照条件，提高光能利用率；协调树体各部分，各器官之间的平衡等。整枝修剪的主要作用是调节其生长与结果的关系，使之按照栽培所需要的方向发展。
不同的药用植物或同一种植物的不同年龄对整枝修剪的要求亦不相同。以果实入药的木本药用植物，如山茱萸、木瓜、佛手、枳壳等，幼年植株一般宜轻剪，以培育成一定的株型，使形成一定的主枝、副枝、侧枝，保持适当的距离和角度，促使早成型早结实。成年植株的修剪以维持树势健壮和各部分之间的相对平衡。使每年都有强壮充实的营养枝和结果枝，并使两种枝条保持适当的比例，提高结实能力，还可控制树体高度。而衰老植株应着重老枝更新，以恢复其生长和结实能力。以树皮入药的木本药用植物，如杜仲、黄柏、厚朴等应注意培养其直立粗壮的主干，剪除下部过早的分枝，不宜控制成灌木型。灌木类药用植物如枸杞、玫瑰、连翘等植株的修剪宜使植株高度降低成矮干，可使多发新枝，尤以连翘更应注意修剪去徒长枝，促使多开花结果，提高产量。
整枝修剪的时期一般分为休眠修剪（又称冬季修剪）和生长期修剪（又称夏季修剪）。落叶木本植物冬季修剪一般在休眠期后，冬前为宜；常绿木本以冬后春梢萌动前为宜。冬季修剪主要修剪主、侧枝，剪去病虫枝、枯枝、纤弱枝等；夏季修剪主要除去赘芽，摘梢和摘心等。
修根只在少数以根入药的植物中采用。修根的目的是保证其主根生长肥大和符合药用品质规格的要求。如附子除去过多的侧生块根，使保留下的块根充分发育，以利加工；芍药栽培中将侧根除去，使主根生长肥大，增加产量。