当年，在北大国文系任教的名师中不少人都是个性鲜明，特立独行，如鲁迅与钱玄同、沈尹默和胡适、胡适与刘半农等之间就是关系复杂，互有成见，但是马裕藻和他们的关系都颇好，这也许就是身为系主任应有的作为和襟怀吧。
例如，马裕藻与鲁迅相交最深，但他对与鲁迅交恶的顾颉刚却同样礼遇。1929年顾颉刚的父亲顾子虬过六十大寿时，正逢鲁迅自上海返北平省亲，顾颉刚本为马裕藻的学生，马裕藻却亲往顾府为顾子虬祝寿，并在顾府“寿序”上签名。
在上个世纪二十年代，在北大红楼里，教授们普遍认为有两位“好好先生”，一位是校长蔡元培，另一位便是国文系主任马裕藻。实际上，这恰恰说明马裕藻真正践行了蔡元培治校的核心理念——“兼容并包”。
据说，马裕藻任系主任时，家里有个年轻人要报考北大。有一次，不知是有意还是无意探问马裕藻：“不知道今年国文会出哪类题？”马主任顿时大怒：“你是混蛋！想叫我告诉你考题吗？”
北平被占领时，有同学请他写些字留作纪念。他却说：“真对不起，现在国土沦陷，我忍辱偷生，绝不能写什么。将来国土光复，我一定报答你。”
学生张中行在与马先生接触日久之后，一改先前对老师的认识：大家把他的宽厚看作无原则的迁就，其实，他律己很严，对人的迁就也仅限于礼让。
北大评议会的许多教授，更是领教过他容易激怒的作风。在评议会上一旦遇见不合理的意见，他总是大声叱咤，一点不留面子，与平常的态度截然两样。
马裕藻的女儿马珏她在回忆父亲马裕藻先生时说：“父亲一生别无所好，惟喜购书、读书。我们家曾搬过两次，每次觅房都有两个要求：一是要有足够的书房，至少要有三四间，室内四周都是大书架，还有大书桌。再一是离北大要近。父亲除了上课以外，就是总在他的书房里。他的藏书大多是用朱红标点过的。读书备课，这是他一生最大的乐趣。父亲去世后，按照他的心意，藏书(21000册)献给了北大图书馆。”
在日本留学期间，马裕藻、陈德馨夫妇和陶成章等光复会同志在东京小石川合租了一所二层楼的房子，马裕藻一家住楼上，陶成章、徐锡麟、秋瑾、王金发、竺绍康五位住楼下。陈德馨、何香凝就读的是日本目白女子大学，廖仲恺也在早稻田大学读预科。直到1913年回国前，马裕藻与章太炎、鲁迅、陶成章、廖仲恺、何香凝、秋瑾、徐锡麟等许多反清革新派人物、光复会浙江籍仁人志士始终交往密切，因此深受他们革命思想的影响。
马裕藻与鲁迅自1906年在日本共同师从太炎先生后就成了莫逆之交，一生挚友。这是因为二人同是光复会会员，同在日本留学，同为章门弟子，同样以文化教育报国为己任，共同与黑暗反动势力进行了旗帜鲜明的斗争，一生都与北大有着不解之缘。
蔡元培决定聘请鲁迅进北大讲课后，刚担任国文系主任的马裕藻亲自将聘书送到鲁迅家中。1920年8月6日，鲁迅在日记里记述：“六日晴。晚马幼渔来送大学聘书。”当时北京大学聘任鲁迅为国文系讲师的聘书，讲授中国小说史课。1923年后又被增聘为北京大学研究所国学门委员会委员。按当时北大规定，在政府部门兼职的教员只能受聘为讲师而不得任教授。当年鲁迅在北洋政府教育部社会教育司任职，故在北大就不能像他二弟周作人一样被聘为教授。但从校长蔡元培到国文系主任马幼渔均十分器重鲁迅，同时，这也是马裕藻和鲁迅在北京大学共事的开始。
1927年，轰轰烈烈的大革命中途夭折，国民政府迁都南京。北大教授、学生也呈分化趋势，王世杰等教授以及罗家伦、段锡明等学生领袖到南京国民政府为官去了，许德珩、范文澜等仍然为维护孙中山的三大政策而斗争，多数则游离于两派之间。
鲁迅十分了解马裕藻的为人，知道他有浓厚的爱国心和正义感，思想上倾向于进步一方。所以，1929年（民国十八年）6月1日，鲁迅在给许广平的信中，感慨写道：
南北统一后，“正人君子”们树倒猢狲散，离开北平，而他们的衣钵却没有带走，被先前和他们战斗的有些人给拾去了。未改其原来面目者，据我所见，殆惟幼渔、兼士而已。
鲁迅在北大任教时，马裕藻是他最亲近的同事之一。据统计，《鲁迅日记》提及马裕藻及其家人的地方就有近200处，可见交往之密切。
特别是鲁迅离开北平南下后，于1929年和1932年两次从上海返京省亲，看望母亲时，相访最多的就有马裕藻。
如，1929年，鲁迅在5月28日《日记》中记载：“晚访幼渔，在其寓所夜饭，同坐为范文澜君及幼渔之四子女。”
1932年，鲁迅第二次返北平探望老母时，11月9日《日记》记载：“下午访幼渔，见留夜饭，同席兼士、静农、建功及其幼子，共七人”。又如11月18日《日记》记载：“十八日晴。晨得幼渔信。”。11月26日，在致许寿裳的信中又说：“曾见幼渔，曾询兄之近况，……”。
自此，马裕藻与鲁迅已从章门弟子的“同窗”之情，发展到北京大学的“同仁”之谊，也进而形成了浙江宁波马氏和绍兴周氏两大家族中北大人之间的世交。
1936年，鲁迅逝世。蔡元培在上海领衔鲁迅治丧委员会，他悼鲁迅的挽联是：“著作最严谨，非徒中国小说史；遗言太沉痛，莫作空头文学家”。马裕藻也写了一副意味深长的挽联，其联云:
豫才尊兄千古
热烈情绪冷酷文章直笔遥师菿汉阁
清任高风均平理想同心深契乐亭君
弟马裕藻敬挽
此后，马裕藻和蔡元培还为第一套《鲁迅全集》的出版费尽心力。由于鲁迅生前的著作多由上海北新书局出版，故其出版《鲁迅全集》最有优势。但由于北新书局曾因版税纠纷与鲁迅对簿公堂，许广平和鲁迅先生纪念委员会认为此次由其出版《鲁迅全集》已“必不可靠”，希望当时中国出版界的龙头老大商务印书馆促成好事，于是就请蔡元培、马裕藻、许寿裳、胡适出面与王云五接洽。但由于北新书局拒绝让出版权，商务印书馆出版《鲁迅全集》的计划落空了。在日寇入侵、国民党政府迁都重庆、上海出现新闻出版控制缝隙的情况下，许广平与鲁迅先生纪念委员会决定由上海复社以民间的方式运作出版全集。编辑出版《鲁迅全集》是一项浩大工程，在最盛时期，胡愈之、蔡元培、马裕藻、许寿裳、沈兼士、茅盾、周作人等近百人参与到编辑委员会的工作中。1938年5月至8月，在禁出红色书籍的上海孤岛，600万字、20卷的《鲁迅全集》陆续出版。1938版《鲁迅全集》仅用了四个月时间完成，效率之高，在今天看来亦颇不易，而其影响广大，至今无与伦比，其中也饱含了众多敬仰鲁迅的同道者的心血和努力。
1917年，蔡元培主政北大之始，就聘请陈独秀为文科学长，并请陈致函胡适，邀请胡适来北大任教。同年9月，胡适回国，任北大教授，时年二十六岁。
马裕藻比胡适大13岁，海外留学经历方面，马裕藻是留日的，胡适是留美的，思想观念、人生经历应有“代沟”，但巧的是，马裕藻和胡适都推崇清代学者、思想家戴震。
马裕藻当年在北大国学门多次作过《戴东原对于古音学的贡献》的学术讲座，后发表于《国学季刊》，胡适则写过《戴东原之哲学》一书。既然均喜戴学，马、胡二人便一唱一和，共同宣扬起戴东原的学说。谢光尧先生在《红楼一角》中认为，“戴东原之在北大显灵，是马、胡二位对戴学解剖之故。”
马裕藻对胡适在治学方面的主张非常推崇。当胡适在新文化运动的高潮中提出“整理国故”的口号，得到了马裕藻等北大学者纷纷响应。蔡元培在《我在北京大学的经历》中回忆，胡适就“一方面与沈尹默、兼士兄弟，钱玄同、马幼渔、刘半农诸君以新方法整理国故，一方面整理英文系。”
查《胡适日记全集》，有28处提到马裕藻，除聚会宴饮、日常谈天外，也有不少学术交流。如1922年2月4日的日记中说：“我疑心徐积余刻的《随菴丛书》中的菉斐轩《词林韵释》不是宋时之物，已作书问玄同了。今天幼渔来，我又问他此事，他也说此书至早是元时之书。”
两人在藏书方面也有不少互赠互借的交往。如胡适1923年12月16日的日记：“访马幼渔，借得万载辛启泰辑刻的《辛稼轩集钞存》一部，焦循《雕菰楼集》一部。”1934年3月27日日记写道：“马幼渔来谈，借去我的《墨辩新诂》稿本三册。”
北京大学图书馆收藏的《红楼梦》“东观阁原本”第二页中，留有胡适的题记：“红楼梦的版本之学可算是我提倡出来的，我先得程乙本，始知尚有程甲本，程甲本很难得，马幼渔先生藏有此本，今年他慨然赠送给我，我欢喜极了，故托北京松筠阁重加装镶，并记于此。胡适。十八、五、廿四晨四时。”在该书目录的结尾，也有马裕藻的题记：“民国十八年二月二日敬赠适之尊兄。”现存北大图书馆的胡适藏书中，至少有8种是马裕藻赠送胡适的。在北大图书馆马裕藻藏书中，有一册《秋蟪吟馆诗钞》，书衣有马裕藻题记：“胡君适之所赠，民国十年三月十六日裕藻识。”
此外，胡适与马裕藻也有不少书信来往，收入《胡适遗稿及秘藏书信》的，就有八封。
胡适对马裕藻任国文系主任的一些举措也非常赞成，曾给予高度肯定。如他在北大国文系演讲《中国文学的过去与来路》时指出：“马幼渔先生在中国文学系设文学讲演一科，可谓开历来的新纪元，……”
但是，马裕藻和胡适也有不同之处。马裕藻和胡适曾经同为中国民权保障同盟北平分会负责人，但胡适的主张却多不合民权保障同盟宗旨，马裕藻则认为遵守同盟的宗旨是重大是非问题，与胡适颇有分歧。后来，胡适被同盟除名了。
1932年，胡适任北大文学院院长，1934年，接任了马裕藻的北大国文系主任之职。马裕藻很平和地退下这长达十四年的系主任职位，仍当教授研究和讲授文字学、音韵学。
1935年，马裕藻因高血压及脑动脉硬化而中风，病情非常危急，当时胡适对马裕藻照顾格外周到，经常来家和马裕藻的夫人陈德馨商量治病方案，并请协和医院最负盛名的魏毓麟大夫亲自到家中为马裕藻诊治直至痊愈。值得一提的是，胡适早年在治病方面也曾得到马裕藻的帮助。他在《题陆仲安秋室研经图》中，介绍了自己1920年秋天生病，西医没有治好，“后来幸得马幼渔先生介绍我给陆仲安先生诊看。”病竟然好了。
北平沦陷后，钱玄同和夏康农两位同事常来马裕藻家相访，给闭门不出的马裕藻以极大安慰。
钱玄同早年和马裕藻在日本东京一道听章太炎讲“小学”，一道研究文字学和音韵学，民初又一道进京，同为北大教授，是马裕藻交往了几十年的挚友。
夏康农曾留法勤工俭学并参加过大革命，当时他有一台短波收音机能听到抗战后方的广播。当平型关、台儿庄大捷的喜讯传来时，他就邀马裕藻到他家秘密听广播，他们为抗战的每一捷报欢欣鼓舞，两人常常促膝谈到深夜。
马裕藻很注重提携后学。马裕藻长女马珏记得，“与父亲经常往来，往往畅谈至深夜而毫无倦色的有钱玄同、鲁迅、沈尹默、周作人、刘半农、陈百年等，常听他谈起的得意门生有范文澜、陆颖明等。”
马裕藻和胡适、钱玄同、周作人等教授对顾颉刚很是认同，遂着意提携。顾颉刚在1921年1月12日的日记中记载：“幼渔先生要我任国文系参考室管理事，守常先生与我商量兼任，因兼任中文目录编纂事。”同年4月13日的日记又写道：“昨幼渔先生来，不知何事。今日往，乃闻吾将归，特为挽留，谓开课有望，无论如何总等至暑假。”
魏建功先生也是得益于马裕藻、沈兼士、钱玄同、黎锦熙等教授的指点和教诲，终成语文大家。在《魏建功文集》中，他专门收入了自己与章太炎、马裕藻、钱玄同、刘半农、朱希祖等诸师的合影，并在自序中写道：“
等到听了沈师及马幼渔（裕藻）师、钱玄同师许多时讲以后，对于文字语言的古今中外的关系就很想要给他打通，由这个打通的意义上就愈加想说出个实在来。”
