区别一：所学内容的不同
药学专业
主干课程：无机化学、有机化学、生物化学、化学分析、物理化学、药物化学、天然药物化学、药剂学、药物分析、药理学等等。各校根据开设专业培养方向不同，课程设置也会有所差异。
药剂专业
主干学科：药学、化学、生物学。 核心课程：分析化学、有机化学、物理化学、人体解剖生理学、微生物学与免疫学、生物化学、药物化学、药理学、药物分析、工业药剂学、生物药剂学与药物动力学、药用高分子材料学、制剂工程学、化工原理等。
区别二：毕业生应具备的知识和能力不同
药学专业
毕业生应获得以下几方面的知识和能力：
1、掌握药剂学、药理学、药物化学和药物分析等学科的基本理论、基本知识；
2、掌握主要药物制备、质量控制、药物与生物体相互作用、药效学和药物安全性评价等基本方法和技术；
3、具有药物制剂的初步设计能力、选择药物分析方法的能力、新药药理实验与评价的能力、参与临床合理用药的能力；
4、熟悉药事管理的法规、政策与营销的基本知识；
药剂专业
毕业生应获得以下几方面的知识和能力：
1、掌握物理化学、药物化学、药用高分子材料学、工业药剂学、制剂设备与车间工艺设计等方面的基本理论、基本知识；
2、掌握制剂的研究、剂型设计与改进以及药物制剂生产的工艺设计等技术；
3、具有药物制剂的研究与开发、剂型的设计与改进和药物制剂生产工艺设计的初步能力；
区别三：就业方向不同
药学专业就业方向
药学专业的就业方向大致分为如下几种：科研人员——在大学、研究所、药厂的研究部门，从事药物的研发工作;医院药剂师——在医院药剂科、药房、药厂等从事制剂、质检、临床药学等工作;药检人员——在药检所从事药物的质量鉴定和制定相应的质量标准。
药剂专业就业方向
药物研究机构的新剂型和新给药系统的开发研究；制药公司和药厂药物制剂开发研究、新产品的研制、生产工艺和质量保证工作；有关高等院校的药物制剂教学工作；医院药剂科中制剂的制备与管理及相关企业的产品开发与生产技术管理医药营销等；报考医药管理部门的公务员。