被雍正帝赐自尽。
公元1725年（雍正三年）正月，雍正对年羹尧的不满开始公开化。年羹尧指使陕西巡抚胡期恒参奏陕西驿道金南瑛一事，雍正说这是年任用私人、乱结朋党的做法，不予准奏。
三月，出现了“日月合璧，五星联珠”的所谓“祥瑞”，群臣称贺，年羹尧也上贺表称颂雍正夙兴夜寐，励精图治。但表中字迹潦草，又一时疏忽把“朝乾夕惕”误写为“夕惕朝乾”。
雍正抓住这个把柄借题发挥，说年羹尧本来不是一个办事粗心的人，这次是故意不把“朝乾夕惕”四个字“归之于朕耳”。并认为这是他“自恃己功，显露不敬之意”，所以对他在青海立的战功，“亦在朕许与不许之间”。
接着雍正更换了四川和陕西的官员，先将年羹尧的亲信甘肃巡抚胡期恒革职，署理四川提督纳泰调回京，使其不能在任所作乱。四月，解除年羹尧川陕总督职，命他交出抚远大将军印，调任杭州将军。
十二月，朝廷议政大臣向雍正提交审判结果，给年羹尧开列92款大罪，请求立正典刑。其罪状分别是：大逆罪5条，欺罔罪9条，僭越罪16条，狂悖罪13条，专擅罪6条，忌刻罪6条，残忍罪4条，贪婪罪18条，侵蚀罪15条。
雍正说，这92款中应服极刑及立斩的就有30多条，但念及年羹尧功勋卓著、名噪一时，“年大将军”的威名举国皆知，如果对其加以刑诛，恐怕天下人心不服，自己也难免要背上心狠手辣、杀戮功臣的恶名，于是表示开恩，赐其狱中自裁。
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年羹尧之死异乎寻常，他为何被杀，至今众说纷纭。有的研究者认为，年羹尧被杀是由于他恃功骄傲、专权跋扈、乱劾贤吏和苛待部下，引起朝野上下公愤。
更严重的是，他任人唯亲，在军中及川陕用人自专，称为“年选”，形成庞大的年羹尧集团。而且，他在皇帝面前“无人臣礼”，藐视并进而威胁皇权，甚至有自立为帝之心。
年羹尧在西安总督府时，令文武官员逢五、逢十在辕门做班，辕门、鼓厅画上四爪龙，吹鼓手着蟒袍，与宫廷相似。
他还令雍正帝派来的侍卫前引后随，牵马坠蹬。按清代制度，凡上谕到达地方，地方大员须迎诏，行三跪九叩全礼，跪请圣安，但雍正帝恩诏两次到西宁，年羹尧竞“不行宣读晓谕”。
他在与督抚、将军往来的咨文中，擅用令谕，语气模仿皇帝。更有甚者，他曾向雍正帝进呈其出资刻印的《陆宣公奏议》，雍正帝欲为此亲撰序言。
但年羹尧以不敢“上烦圣心”为借口，代雍正帝拟就序言，要雍正帝颁布天下，如此僭越无度，雍正帝能不寒心。
《清代轶闻》说年羹尧被削兵权后，“当时其幕客有劝其叛者，年默然久之，夜观天象，浩然长叹曰：‘不谐矣，’始改就臣节”。
可见他还曾有过叛清自立之心，只因天象不谐才作罢。乾隆时人萧交在《永宪录》中提及，年羹尧与静一道人、占象人邹鲁密议称帝之事，一旦为雍正帝察觉，其被杀就不足为怪了。
雍正三年（1725）十二月初，有一野虎入京城至年羹尧宅，官兵赶来将虎杀死，相传年羹尧出生时有白虎之兆，故他是白虎托生，现虎死年家，显然是天令年死，雍正帝便下了处死年羹尧的谕旨。
另有人认为，年羹尧一案起于文字之祸。雍正三年二月，日月合壁，五星连珠，年羹尧表贺，本想用“朝乾夕惕”一词赞美雍正帝勤于政务，但竟将此语误写，终成雍正帝加罪年羹尧的借口之一。
雍正帝借此大加发挥：年羹尧非粗心者，将朝乾夕惕写作夕阳朝乾，是“直不欲以‘朝乾夕惕’四字归之于朕耳……谬误之处，断非无心”（《清世宗实录》卷三十）。
于是待时机一到，即下手除掉年羹尧，他今朝廷及地方官员检举其罪状，最后刑部等衙门定他有九十二条大罪，应凌迟处死，雍正帝故作仁慈，宽令其自裁。
参考资料来源：百度百科——年羹尧
年羹尧失宠获罪的原因，大致有这样几点：
第一，擅作威福，不守臣道。按照清代的制度，凡上谕到达地方，地方大员必须迎诏，行三跪九叩大礼，跪请圣安，但雍正的恩诏两次到西宁，年羹尧竟“不行宣读晓谕”。
雍正二年冬，年羹尧由京返陕路过保定，“戴翎子数人轿前摆队，行馆前后左右断绝人行”，威风张扬。官员们送礼给年羹尧的称为“恭进”，年羹尧给人东西叫做“赐”，接受者要北向叩首谢恩，接见新属员叫“引见”。年羹尧吃饭称“用膳”，请客叫“排宴”。这一切在封建王朝中，已属大逆不道。更严重的是，年羹尧在雍正面前也行止失仪，“御前箕坐，无人臣礼”，让雍正颇为不快。
第二，结成朋党，排斥异己。当时在文武官员的选任上，凡是年羹尧所保举之人，吏、兵二部一律优先录用，号称“年选”，连吏、兵二部也不得不给以方便。年羹尧甚至不顾清律的规定，为其仆人桑成鼎以军功求职，桑成鼎先任西安知府，后任直隶道员。受此非法优遇的还有年羹尧的家人魏之耀、刘以堂等。许多混迹官场的拍马钻营之辈见年羹尧势头正劲、权力日益膨胀，遂竞相奔走其门。而年羹尧也是个注重培植私人势力的人，每有肥缺美差必定安插其私人亲信，“异己者屏斥，趋赴者荐拔”。这些在众目睽睽之下的所作所为，自然引起了朝野的不满。
第三，贪敛财富。凡走他后门，以求一官半职者，都要向他送礼，多者竟达现银二万两。仅提补官员一项，他就接受“谢仪四十余万两。”由于常年统兵在外，他还多次侵吞军需，多者达一百多万两。
客观地讲，正是因为年羹尧骄横傲慢，忘乎所以，不守臣节，渐渐引起了雍正的警觉和不满，终于决心惩治这个天下“第一负恩人”。
年原籍安徽怀远，其父年遐龄累官至湖广巡抚（雍正元年改称湖北巡抚）。年於康熙三十九年（1700年）中进士，任翰林院检讨。康熙四十八年（1709年），皇子胤禛晋封为雍亲王，并充任镶黄旗旗主。年羹尧之妹年氏被选为雍亲王侧福晋，因此成为胤禛亲信。同年，年被抬入汉军镶黄旗并被任命为四川巡抚。任四川巡抚时，年羹尧写信说：「今日之不负皇上（康熙），即他日之不负王爷（雍正）。」
康熙五十七年（1718年），准噶尔策妄阿拉布坦占领西藏，年上疏请求在打箭炉至理塘加设驿站，保证清军後勤畅通，因此受到康熙帝赏识，被任命为四川总督兼管巡抚事，办理松潘军务。此後，年在边陲多立战功，成为拥立雍正的重要人物。《儿女英雄传》所写「纪县唐」实指年羹尧，说他是经略七省的大将军，「他那里雄兵十万，甲士千员，猛将如云，谋臣似雨」。[1]
雍正即位後，封年为「抚远大将军」，率岳锺琪等人镇压青海罗布藏丹津的叛乱，罗布藏丹津以残部两百馀人遁入准部。班师回朝时，雍正亲自相迎，擢抚远大将军，加封太保、一等公。
雍正三年（1725年）二月，出现「日月合璧、五星联珠」的祥瑞，官员都上书向雍正表示祝贺，三月，年羹尧在章奏中将「朝乾夕惕」写作「夕惕朝乾」，且字迹潦草，雍正以此为题，以「年羹尧自恃己功，显露其不敬之意，其谬误之处断非无心」，被革川陕总督，转杭州将军，甘肃巡抚胡期恒被撤职，由岳钟琪兼任。
雍正批道：「朕闻得早有谣言云：『帝出三江口，嘉湖作战场』之语（三江指钱塘江、富春江、黄浦江，嘉湖指嘉兴、湖州）。……看此光景，你并不知感悔。上苍在上，朕若负你，天诛地灭；你若负朕，不知上苍如何发落你也！……你这光景，是顾你臣节、不管朕之君道行事，总是讥讽文章、口是心非口气，加朕以听谗言、怪功臣之名。朕亦只得顾朕君道，而管不得你臣节也。只得天下後世，朕先占一个是字了。」
年羹尧仍然心存幻想，逗留在江蘇仪征，观望不前，并指使西安府咸宁县令朱炯，请求为其保留川陕总督之职，又上奏称：「臣不敢久居陕西，亦不敢遽赴浙江，今於仪徵水陆交通之处候旨。」
雍正怒斥年羹尧「迁延观望，不知何心」。一时众官交章劾奏，直隶总督李维钧连奏三本，痛斥年羹尧「挟威势而作威福，招权纳贿，排异党同，冒滥军功，侵吞国帑，杀戮无辜，残害良民。」逮至京师问罪，雍正三年十二月（1726年1月）以九十二条大罪被赐死，年羹尧哀求「留下这犬马，慢慢的给主子效力。」雍正准其於狱中自尽，一子处斩，馀子十五岁以上者发遣广西、云南、贵州充军。年父因年事已高被赦免，年妻则发还娘家。临死前年羹尧以为皇帝会下旨赦免他，可一直都没有消息。在左都御史兼监刑官蔡珽的催促下，年羹尧最後只好自缢。
年羹尧死後七天，汪景祺被斩首，史称「汪景祺西征随笔案」。
[编辑] 争议
对於年羹尧缘何失宠被赐死，各史家众说纷纭，按照官方说法，年是因为擅作威福、结党营私和贪赃枉法而获罪，雍正後有朱批：「大凡才不可恃，年羹尧乃一榜样，终罹杀身之祸」「年羹尧深负朕恩，擅作威福，开贿赂之门，因种种败露，不得己执法，以为人臣负恩罔上者诫。」《清史稿》、《清代七百名人传》都认为年羹尧是恃功自傲而致被杀。
高阳在《清朝的皇帝》说：「细细考查，此人（年羹尧）并没有什麼了不起的才具；否则亦不至於连世宗（雍正）那些令人肉麻的迷汤都分辩不出来，被灌得如中酒一般，沉醉不醒，自速其死。因此，在康熙年间，所受天语褒赞，无非雍亲王故意替他说好话的结果。」但是也有人认为年的死是因为功高震主，甚至有野史称其掌握了雍正篡位的秘密。亦有说法指出，清世宗本无杀年羹尧之意，而是当朝清流官员们连番上摺弹核请求赐死年羹尧，清世宗碍於众议不得已应允。本回答被提问者采纳
年羹尧（1679年~1726年1月13日），字亮工，号双峰，安徽凤阳府怀远（今安徽省怀远县）人，后改隶汉军镶黄旗，清朝名将。
康熙三十九年（1700年）进士，官至四川总督、川陕总督、抚远大将军，加封太保、一等公。他运筹帷幄，驰骋疆场，曾配合各军平定西藏乱事，率清军平息青海罗卜藏丹津，立下赫赫战功。
雍正二年（1724年）入京，得到雍正帝特殊宠遇，但翌年十二月，风云骤变，被雍正帝削官夺爵，列大罪九十二条，赐令自尽。