如果公司发放工资时多发给员工，而员工不愿意退还多发的部分，根据法律程序，可以采取以下步骤进行处理：
与员工进行沟通：首先，与员工进行积极的沟通，解释发放工资多发的情况，并请求员工退还多余的金额。在沟通中可以提醒员工关于诚信和公平的重要性，并强调公司的合法权益。
提供证据：提供相关的工资记录和财务证据，证明工资多发的事实。确保有充分的证据支持公司的主张。
发出书面通知：如果员工仍然拒绝退还多发的工资，公司可以发出书面通知，要求员工退还多余的金额，并设定退款期限。
寻求法律援助：如果员工仍然拒绝退还多发的金额，公司可以寻求法律援助。请咨询公司的法务部门或聘请专业的劳动法律顾问，他们将能够为您提供具体的法律建议和指导。
起诉程序：如果经过以上步骤后员工仍然不退还多发的工资，公司可以考虑提起诉讼。在起诉程序中，法院将根据相关的劳动法规定和证据来判断案件，并作出相应的裁决。
需要注意的是，具体的法律程序可能因地区而异，因此在处理此类问题时，最好咨询当地的劳动法律专家或律师，以确保遵循当地的法律程序，并获得专业的法律建议。