有13个，分别是朝阳门、聚宝门、通济门、正阳门、三山门、石城门、清凉门、定淮门、仪凤门、太平门、神策门、金川门、钟阜门。
1、朝阳门
朝阳门为南京明城墙明代十三座内城门之一，此门是瓮城连接城内的宫城和城外的明孝陵的通道，往东可至外郭麒麟门。现已列为全国重点文物保护单位。
朝阳门原为明代朝阳门瓮城，因城门位于南京城东，最先迎接太阳而得名。朝阳门瓮城现已不存，今三拱券城门系民国时期开辟，现已列为全国重点文物保护单位。
2、正阳门
正阳门，南京明城墙内城十三座内城门之一，今称光华门，是南京京城的正门，位于御道街最南端。正阳门是内外均为瓮城的复合型瓮城，对城内城外有双重防御作用。
光华门是南京城墙明代南部三座城门中，最靠东的一座，西面距通济门约1450米，东北面距朝阳门（今中山门）约2590米。
1931年（民国二十年），国民政府为纪念辛亥革命江浙联军由此进入光复南京城，易名光华门，喻光复中华之意。次年4月由国民政府监察院院长于右任题写“光华门”匾额镶嵌于城门之上。
1937年（民国二十六年）12月南京保卫战，中日在光华门激战，最终失守南京城破，城门被炮火炸塌。光华门是日军攻打南京时战斗最激烈、伤亡最大的一座城门。
3、通济门
通济门，是南京明城墙十三座明代内城门之一，明初由原集庆路旧东门截城壕增建，扼守于内外秦淮分界，门向东北为皇城，向西南则是商业区，为南京咽喉所在，是中国规模最大的瓮城城门，世界城墙史上独一无二的杰作。
通济门为福船型（鱼腹型）内瓮城城门，与三山门（今水西门）相似，临近秦淮河用船形取同舟共济之意。也是南京内城门中占地面积最大的城门，与聚宝门（今中华门）和三山门（今水西门）是三座规格最高的内瓮城城门。
4、三山门
三山门，位于南京城西南，坐东向西，历史上为水陆两栖城门，是明南京内城十三城门之一，面临秦淮河，为水陆两栖城门，是旧日从水路进出南京城的主要通道，故而俗称水西门。
三山门其历史可追溯到南唐都城以及宋、元金陵城的龙光门，1386年（明洪武十九年）重新建造，因南眺三山故才改名为三山门。
三山门为福船型（鱼腹型）内瓮城的主城门。规模仅次于聚宝门（今中华门），与通济门略同，建有内瓮城三座，门垣共四道，每两道城墙间设瓮城，内瓮城呈船形或者鱼腹型，供作储兵防守之用。
5、清凉门
清凉门是是南京明城墙的十三座明代京城城门之一，因坐落在清凉山得名，现由一道城门和一圈椭圆形瓮构成，主城门为单孔拱券结构，城门楼上的城楼已经不存在，城顶上存留一块绞关石，上凿有两个绞孔，瓮城呈半圆形，正对城门，坐东朝西。
城门原由一道瓮城、两道城门组成。明洪武六年（1373）六月，该门设兵马司扼守。洪武十二年三月，改称清江门。据史载，该门建成不久，即被堵塞，600多年没有使用。1988年被列为全国重点文物保护单位。
参考资料来源：百度百科——南京明城墙
城南：正阳门（今光华门）通济门、聚宝门（今中华门）；
城西：三山门（今水西门）石城门（今汉中门稍南称汉西门）、清凉门（又称清江门）、怀远门（今定淮门）、仪凤门（今兴中门）；
城北：钟阜门、金川门、神策门（今和平门）、太平门。</FONT> </FONT></FONT>
“外十八”</FONT> 麒麟门、仙鹤门、姚坊门、观音门、佛宁门、上元门、 沧波门、高桥门、上方门、夹岗门、双桥门、栅栏门、</FONT>凤台门、大小安德门、大小驯象门、江东门。</FONT>
随着城区的扩大和交通发展的需要，又陆陆续续增开了十一道城门，它们是：1908年开草场门；1909年开丰润门；1913年开海陵门；1929年开武定门；1931年开汉中门、中央门、小北门；1934年开新民门；1935年开雨花门；1952年开解放门；1992年开集庆门。近几年，在光华东街道路向东延伸时靠紫金桥附近增加一个门，在维修前湖附近坍塌的城墙时，在缺口处建成了后宰门。这样，加上原来的内十三，就成了内二十六。</FONT> 1924年朝阳门为中山门；改仪凤门为兴中门；改海陵门（1913年新开的）为挹江门；改神策门为和平门；改丰润门（1909年新开的）为玄武门；改聚宝门为中华门；改洪武门（原正阳门）为光华门。这样，“内十三”当中，只有通济门没有改过，保留至今。</FONT>