法律分析：入职当月工资中只能扣除当月的社保费用，不能扣除两个月的费用。但是有的公司发工资日期是本月发上月，如果赶上新入职员工是上月入职，则本月扣费就需要扣缴上月和本月的社保。这与公司工资计发日有关。
1、入职当月存在事实劳动关系，企业应当缴纳当月社保；
2、按社保法规定，用人单位应当自用工之日起三十日内办理社会保险登记，可能会出现跨月的情况。如果出现这种情况，单位应当申报从上月补缴社会保险费；
法律依据：《中华人民共和国社会保险法》
第二条 国家建立基本养老保险、基本医疗保险、工伤保险、失业保险、生育保险等社会保险制度，保障公民在年老、疾病、工伤、失业、生育等情况下依法从国家和社会获得物质帮助的权利。
第三条 社会保险制度坚持广覆盖、保基本、多层次、可持续的方针，社会保险水平应当与经济社会发展水平相适应。