《神奇宝贝》的起源众说纷纭，而主流的说法基本上就是参考神奇宝贝图鉴的记载，其中提到有六只被称为神奇宝贝祖先，它们都诞生自几亿年前，在当时的大地上叱咤风云，也就是《神奇宝贝》的起源：
1、化石盔
甲蟹类神奇宝贝及乌龟神奇宝贝的祖先，关于这个解释，是在神奇宝贝的动画中提及的，化石盔的造型非常类似于远古时期的一种动物“鲎”，两者均诞生自3亿年前，化石盔能够进化成非常有实力的镰刀盔，双手上尖锐的双刀能够轻松切开猎物的身体，战斗时可攻可防，将敌人抗拒在一定范围之外，再使用水系绝招将敌人击倒。
2、原盖海龟
另一种龟神奇宝贝的祖先，至于杰尼龟到底是化石盔衍化的，还是原盖海龟衍化的就不知道了，原盖海龟和它的进化形态肋骨海龟都是以惊人的防御力著称的，坚硬的甲壳让敌人奈何不得，而原盖海龟能活动的范围非常广，可以下潜到1000米以下的深海，还能在陆地上利用尖牙去捕食。
3、始祖小鸟
它是鸟神奇宝贝祖先，但实际上始祖小鸟根本不会飞行，只能在树枝上跳来跳去，直到进化成始祖大鸟之后才能在天空中翱翔，而且还要在一段超长助跑后才能飞得起来，它本身的造型有融合一部分恐龙的形态，色彩鲜艳程度让敌人很容易发现，只能凭借很强的攻击性才能很好地保护自己。
4、太古盔甲
虫系神奇宝贝祖先，它有着一副强壮的身体，与对手近距离战斗的时候只会让对方受到更重的伤害，看样子赫拉克罗斯强大的防御力便继承自这个祖先，它和它的初始形态太古羽虫个头上和力量上有着天差地别的变化，初始形态只能在海里捕捉一些小猎物作为食物，慢慢积蓄经验进化。
5、阿尔宙斯
全部神奇宝贝乃至整个世界的创造者，它诞生自天地未开之时，它将鸿蒙世界创造了出来，而在它所开辟出的宇宙中，这才诞生了大千世界及众多神奇宝贝，没有人知道阿尔宙斯究竟存在了多久，也没有人知道它倾尽全力的一击到底有多可怕，却有无知的人类敢觊觎阿尔宙斯的实力。
6、梦幻
被称为神奇宝贝的始祖，它拥有着所有神奇宝贝的基因，能够学习所有招式，它的存在正如其名一般，当真是如梦如幻，仅仅凭借一根睫毛就创造出了超梦这样无解的存在，而梦幻究竟诞生在阿尔宙斯之前还是之后就很难说了，只能认为两者都是神奇宝贝的始祖。