自从公元605年隋炀帝开设进士科起，此后一千多年科举考试一直都是皇帝选拔人才、笼络人心的主要手段。特别是科举制走向成熟、鼎盛的明清时期，每三年一次的科举考试更是牵扯国本、举国关注的大事，出一点差错都是朝纲动荡。
“十年寒窗苦，一卷定终身”，科举作为大多数读书人改变命运、走上官场的唯一途径，各种舞弊行为层出不穷，贿赂考官、作弊抄袭、请人代考等等，即使朝廷使用严刑峻法惩治也难以断绝弊案发生，每一次都是杀的人头滚滚。而1397年却发生了一起蹊跷的科举大案，没有任何舞弊行为存在仍然闹得朝野沸腾，数十位官员无辜惨死，史称“南北榜糊涂案”。
公元1397年，明朝迎来三年一次的科举会试，天下英才云集南京。对于这次考试，明太祖朱元璋寄予厚望，有着多重政治考量。
第一，1368年朱元璋称帝建立明朝，攻破元大都结束元朝统治，但是整个明朝统一战争一直打到1389年；另外元朝毕竟统治中原98年，部分士大夫阶层受元朝恩遇，对于新生的明朝并不认可，特别是在后收复的北部地区，这是不利于明朝统治的。
第二，1380年朱元璋以“谋逆”的罪名杀宰相胡惟庸，同时诛杀了御史大夫陈宁、中丞涂节等人；1390年朱元璋又颁布《昭示奸党录》，以胡惟庸同党的罪名又杀了韩国公李善长等一大批人；此后又称胡惟庸勾结倭寇、北元，追查党羽，案子一直到1392年才宣告结束，前后杀了三万多人。
第三，1392年太子朱标英年早逝，明朝爆发立储之争，最终朱元璋在燕王朱棣和皇孙朱允炆之间，选了朱允炆当继承人。1393年，已经66岁高龄、身患重病的朱元璋害怕自己死后朱允炆压不住朝堂老臣，又弄出了“蓝玉案”，杀了1.5万人。
因此对于1397年这次科举，朱元璋是想达到笼络北方士人、扩大明朝统治基础，利用科举盛会缓和因大肆杀戮造成的紧张氛围，为朱允炆将来执政选拔人才等几个目的。而朱元璋为了这次科举还精挑细选了一位主考官，已经78岁高龄的刘三吾。
刘三吾有多重身份，可以说是最能代表朱元璋政治意图的。首先刘三吾是士林领袖，全国知名的大儒，就连明朝科举制度条例都是他制定的，身份地位绝对能当主考官；
其次刘三吾是元朝旧臣，在明军攻克广西之后归隐田园，直到1385年才应朱元璋征召再次出仕，受到朱元璋礼遇重用，被尊为“三老”之一，身份转变极具代表性；
最后刘三吾支持皇孙朱允炆继位，1392年太子朱标病逝，朱元璋召集群臣议立太子说“燕王英武似朕，立之何如？”，当时燕王朱棣已经是闻名天下、实力最雄厚的藩王，百官都不敢得罪他，刘三吾却挺身而出明确反对称“皇孙年富，世嫡之子，子殁孙承，适统礼也。即立燕王，置秦晋二王何地？”朱元璋听后大哭，后来就立朱允炆为皇太孙。
可惜刘三吾是一个合适的考官，却不是一个合格的政客，《明史》中评价其“为人慷慨，不设城府。”说白了就是没有政治智慧。刘三吾完全没有领会朱元璋的政治意图，在1397年这次会试中真是只以成绩论输赢，上榜的51个人全是南方人，榜单一公布就造成轩然大波。
落榜的北方读书人相互串联，联名上书到礼部鸣冤告状、在南京街头拦住官员轿子喊冤，称考官刘三吾﹑白信蹈等人偏向南方人，瞬间舆论哗然，“考官收钱”、“营私舞弊”各种传言满天飞，朱元璋震怒下旨严查。为了以示公正，成立了12人的“调查小组”，但是这个调查小组里面的成员侍读张信等人也都是很正直的官员，不会去作假迎合朱元璋，给出的调查结果是此次考试确实公正，所有录取的读书人都是凭真本事考中的。
调查小组给出的结果更让落榜的北方士子们不满了，继续闹；朝中北方出身的官员也联名上书抨击，要求再派人对考卷进行审核，严查所有涉案官员；还有人上告说主考刘三吾勾结调查小组联手欺瞒朱元璋，故意将考的不好的试卷呈给皇帝看。
那么1397年的会试到底公不公正？调查小组的结论对么？实际上考试结果是公正的，确实反映了明朝现实。在南宋之前，文化中心一直在北方，北方的社会文化发展水平高于南方；直到1127年靖康之变，北宋灭亡，为躲避战乱大批人南迁，南方成为新的经济文化中心。而且不论是金国还是元朝都不重视文教，北方的教育水平自然就被南方拉开了；在加上明朝是八股取士，考的是南宋朱熹程朱理学那套东西，南方士子更占优势了。别说明朝初年，就是到了清朝，文化发达的南方地区长期垄断科举的情况也没有太大改善。
但是政治上没有对错，不符合朱元璋意图的官员都要严惩。1397年5月，朱元璋下召称主考刘三吾等人是“蓝玉余党”，刘三吾因为年龄太大只是发配西北，其余人全部处死，成了皇帝平息风波的替罪羊；6月，朱元璋亲自主持选出了61名北方士子上榜，这场“南北榜案”才算过去。此后明代科举南北方士子按比例分开录取成为规矩，一定程度上缓解了南北方矛盾，维护了国家稳定，对于普及文化教育是有好处的。
但是这种人为划分“南北榜”的行为，实际上天然将明朝大臣们划分成了不同阵营，同期科举入朝为官的人根据籍贯不同拉帮结派，拉开了明朝党争的开端。到了明朝万历末期，党派林立，党争不断，浙党、齐党、楚党、昆党、宣党都是以官员籍贯划分的，就是著名的东林党也是以江南士大夫为主。只能说任何政策都有好的一面和坏的一面，根据时代不同不断推陈出新才是长久之道。