补充益生菌可能出现消化道不适，如肠胃胀气、排气较多、大便不成形等症状。有些人还会出现腹泻、发热、寒战、头痛、皮肤出痘痘等多种症状。
其实这个时候，在人体的消化系统中，益生菌大军和有害菌正在展开剧烈的斗争。这场惨烈的战争，细菌们或者转移阵地或者备战死。有害菌为了存活会释放比平时量更多毒素，或者改变代谢途径生成新型毒素来对抗益生菌。而这些毒素在对抗益生菌的同时，也对人体产生了“好像病症加重”的症状。这些反应症状的原因不是因为服用的益生菌，而是因为已经占据体内肠道的那些有害菌引起的。这些反应其实是一个好的信号，说明益生菌已经起作用了，有害菌正在死亡。随着坚持服用益生菌，病情就会逐渐好转，益生菌逐渐战胜有害菌，直至身体完全康复。
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