（1）科研滞后，产品档次低
有些地方科研滞后于生产，科研脱离于生产，关门搞科研，埋头抓生产的现象仍然突出，使育种水平、栽培技术仍停留在较为原始的水平上，忽视了知识的更新和品种的改良，总产量上去了，但转化率低，品质不优，加工水平低，产品的市场适应能力差。
（2）分散发展，无序经营
很多地区的食用菌业是以农民自发生产经营为基础的，因此缺乏根据当地资源合理配置的区域化布局，缺乏统一协调和宏观调控手段。一些政府部门为了短期出成绩，急功近利，盲目追求规模，不顾当地资源和气候、技术条件和市场适应能力，结果造成轰轰烈烈上马，又无声无息下马，使农民怨声载道；在流通领域内，无稳定畅通的渠道，缺乏有序的经营管理和有效的信息服务，使产供销不能很好地衔接。有些地区，这种盲乱无序的状态尤为突出，你搞什么品种，我也搞什么品种，你在哪里收购，我也紧随其后，你争我抢，一会儿相互抬价，一会儿又互相压价。产品多了就疾声呼呼大砍特砍，产品少了就鼓动农民大上特上，结果搞得商家或大哭大笑，或两败俱伤，菇农也终日惶惶，不知今后种什么好，最终受害的还是菇农。
（3）没有标准，缺乏品牌及知识产权保护意识
长期以来，有些地区的食用菌栽培和加工技术落后，产品没有采用国际通用标准，也没有建立自己的行业标准体系。人们只为关心产量多少，产值多少，却忽视了转化率和加工产品质量、档次的提高。产品如此，技术、菌种、物资、设备、生产同样缺乏标准。大量的劣质产品充斥市场，仅有的优质品又缺乏品牌包装和保护，品牌意识的淡漠，加之对知识产权保护的欠缺，假技术、假信息、伪劣菌种、伪造设备充斥市场、鱼目混珠、屡见不鲜，致使技术密集型的食用菌业，其科研却在低水平上徘徊。我国加入WTO后，这种现象的解决迫在眉睫、势在必行。
（4）缺乏行业合作和产业龙头
行业内部以自我为中心，各自为政，不讲配合，形不成拳头，形不成合力。重复科研，重复生产，竞相比价，互相拆台。据统计，全国现有大大小小几万个菌种场，上万个加工厂，这样一个庞大的队伍没有核心、没有标准、没有规划、没有管理，菌种及产品质量低劣可见一斑，必然会出现坑农害农等欺骗行为。这种欺骗行为在菌种出售、技术推广、产品回收等领域表现得更为突出。究其原因，作者认为是当地缺少主管部门的管理和龙头企业的主导，造成科研肤浅、生产分散、竞争无序、管理混乱。由于企业不占核心主导地位，技术创新迟缓，抵御市场风险能力差，产品深加工上不去。