余建军教授在科研项目方面取得了显著的成果，其中包括纵向项目和横向项目两大部分。
在纵向项目中，他担任主持人，参与了一系列重要课题的研究。首先，他主持了教育部人文社会科学基金项目“基于免疫算法的分布式调度管理研究”（编号：07JC630038），致力于探讨高效调度的理论与方法。此外，他还主持了广州市社会科学规划课题“支持广州环保的绿色制造优化调度研究”（编号：08Q04），关注环境保护与制造业的绿色转型。在国家级科研项目中，他参与了“生产过程的瓶颈供需平衡链研究”（编号：50705077）和“基于排队网络的设施布置优化设计研究”（编号：70871040），深入研究了生产过程中的关键环节优化。他还参与了多个国家863/CIMS项目，如“基于组件的可重构车间管理系统”（编号：2001AA412150）和“网络环境下可定制车间生产管理系统”（编号：2003AA411110），在智能制造领域贡献了自己的智慧。
而在横向项目中，余建军教授同样表现出色。他主持了中山移动仓储管理优化项目，注重实际应用中的效率提升。他还参与了多个企业的供应链管理和信息系统的开发，如中国雅芳供应链辅助决策支持系统、西北锆管厂CIMS/MIS系统等，为企业的信息化建设提供了有力支持。此外，他还涉足了军队和航空领域的ERP系统、CIMS/MIS系统以及车间生产管理系统的研发，为国防和航空工业的发展做出了贡献。
余建军