1、普通消毒法：
即每天向井内投加
二氧化氯消毒剂。
（1）消毒前，应先测量井中的水深和直径，算出井水水量。根据水量计算消毒剂用量。一般应按照水质洁净状况采取0.5-1.5mg/l的二氧化氯加入量。
（2）取计算好的二氧化氯消毒剂适量，加少量水活化后倒入水井内。如能用用水桶或竹杆在井内搅拌一下为好。如有条件做检测则半小时后水中二氧化氯余量应在0.1-0.5mg/l为佳。如二氧化氯不足或过多，说明所加药量太少或过多，应作为下一次消毒时参考。
（3）井水消毒一般每天1-2次，早晨及午后进行为好。
2、持续加氯消毒法：
（1）定义：由于普通消毒法需每日消毒，工作量较大，因客观条件的变化往往使消毒难以坚持。因此各地用户创造了持续消毒法，可延长消毒时间，减少工作量，且使用也方便。
（2）使用方法：选用竹筒、塑料袋、陶瓷罐，最好是塑料材质的汽水瓶、聚酯材质的可乐瓶等容器，将一周或者更长时间使用的二氧化氯消毒剂装入容器中，灌水，用绳子拴住容器，并使容器浸于水面下40-50cm左右，借取井水时振荡，使容器中的氯液不断渗出与水接触，使井水中经常保持过量的有效氯进行消毒，达到连续消毒的效果。
（3）药剂使用量：此种持续消毒的二氧化氯药剂的加入量应按照井水稳定时的体积乘以1-2mg/l的二氧化氯使用浓度，继而折算出每日、每周或更长时间的药剂需要量，然后一次加入，持续使用一周左右取出容器检查和调换药物，有条件的应经常测量水中的二氧化氯余量并调节药剂加入量。