寺内珍贵文物为马祖塔，始建于唐朝中期，宋代重建，为马祖舍利处，全称为”宝峰马祖一大寂禅师舍利之塔“，并建有一石亭，护罩塔身，曾于1957年列为全省重点文物保护单位。“文化大革命”中，塔被毁，亭尚存。1993年，马祖塔重建。全部采用从山东运来的汉白玉构建。塔高4.5米，底层为正方形须弥座造型，塔身是正方形，正面碑石上刻有著名书法家启功先生所书：“马祖道一大寂禅师舍利之塔”东西两面的碑石上，分别刻有唐朝权德舆和当代一诚禅师所撰写塔铭。塔亭以花冈石为原料，六柱六角宝盖式造型，用石板覆盖，檐首六角均有昂首龙头状饰物。
马祖圆寂后藏舍利子于塔内，塔亭内结构造型严整合理、庄重大方，是典型的宋代石建筑。为江南历代石建筑中的珍品，1957年马祖塔亭被江西省人民政府列为省级重点文物保护单位。2013年被列为国家级重点文物保护单位。 唐代天宝年间（742-756），开元寺（今南昌佑民寺）的水潦和尚偕师弟道通禅师建庵于宝峰后，礼请师尊马祖来游。马祖恰恰是个游方四海弘扬禅法的高僧，足迹遍天下。他一生二到宝峰：一是在唐贞元元年（785年），他与众徒同游宝峰，马祖陶醉其中，乐而忘返；第二次是在唐德宗贞元四年（788年）正月，马祖道一大师再登石门宝峰，悠游山水之间，见“沿壑平旷，顾而乐之”，他相中了宝峰作为归葬之地，而且预言一个月后做一日和尚撞一天钟将圆寂。众僧当时并没有把此言放在心上。
马祖回钟陵开元寺不久，染疾卧床而逝，享寿八十。弟子们遵其生前遗嘱，灵骨归葬宝峰。时任江西观察使的李兼是马祖的皈依弟，举办了盛大的归葬仪式，《宋高僧传》载，在中国佛教史上，马祖的葬礼是继华严宗法藏大师归骨嵩山、净土宗善导大师瘗塔秦岭之后的佛门第三次盛大葬礼。唐贞元七年（791年），国相左仆射权德舆奉唐德宗旨意，主建石门马祖塔，并亲撰塔铭；唐元和年间（806-820），唐宪宗赐马祖谥号“大寂禅师”；唐大中四年（850年），江西观察使裴休奉旨主持重修马祖塔，赐塔名为“大庄严塔”，又颁赐“宝峰”匾额；清雍正十三年（1735年），又加封马祖为“普照大寂禅师”。
有资料显示，马祖一生共建寺院丛林48座，史有“马祖建丛林，百丈立清规”之说，载之史册有名有姓的马祖法嗣共有139人之多，其中成为禅宗宗匠者达84人。所以，由马祖、怀海师徒创立的禅门宗风，在中国禅宗史上被称为“洪州禅”，随后则开出了沩仰宗、临济宗、杨歧宗、黄龙宗等著名的禅宗宗派，至今禅风广被，绵延不绝。可以说，禅宗自马祖始大盛，几占中国佛教半壁以上的江山。
大铁瓶
在法堂前，两只硕大的大铁瓶耸立着，通体黑黝黝，比一人还高。据传说，这对铁瓶原铸造于明正德年间，瓶高2.30米，腹径为0.86米，重达千余斤。瓶口至底为六瓣形，形状如一般家用的花瓶，原置放在大殿两侧，传为镇山宝瓶。明代靖安中源乡，有姓胡与姓雪的两人聚众在玛瑙崖立寨造反。两人武艺高强，力若蛮牛，能飞檐走壁。手下有一姓何的喽罗，听祖辈说宝峰寺马祖塔下埋有金银财宝，便伙同几人深夜潜入寺内，想毁马祖塔盗取金银财宝。他们举起铁锤砸下去，只听“轰”然一声巨响，塔内冒出一团炽热的火焰，几人的眼睛全被烧瞎了。消息传开，众皆底座纷纷。胡、雪二首领惶恐不安，急忙携带香烛，还铸了一对大铁瓶亲到宝峰寺焚香赔礼。从此，这对大铁瓶就一直放在大殿两侧，成了寺内一大景观。
千人床
在宝峰寺，又有“千人床”的传说。这是一种木质的通铺大床，长度与屋的深度相等，宽约数米。据说睡在此床上，决不能说拥挤。一说挤，即便几人睡在上面也会觉得很挤；如说不挤，则上千人也能睡得下，真是神奇无比。惜乎原千人床已毁，现寺内又新造了千人床。一诚大师有偈云：“盆僧不会禅，洗脚上床眠。饿食烟霞粕，心明月满天”禅机十足，令人回味无穷。
万人锅
与“千人床”相比应的是所谓“万人锅”。在“文化大革命”前，宝峰寺内有两口铁质的大锅，直径达135厘米，深83厘米，锅沿有10厘米，锅厚1厘米，据称可供上万人吃饭，故称“万人锅”。其中一口是明代成化年间铸造。 寺内古柏参天，树木成荫，花圃星罗棋布，形成园林式寺庙。江西佛学院就办在此处，培养了不少佛门弟子，成为江西佛教文化的中心地之一。此外，全国各寺和香港、台湾、朝鲜、韩国、日本、新加坡、马来西亚、泰国、以色列、苏联、美国、加拿大等地僧侣、居士、游客纷纷前来礼佛、参观，已成为弘扬佛法道场，游览观光胜地。
