优势
与传统的
灭活疫苗、亚单位疫苗和基因工程疫苗相比，
核酸疫苗具有如下优点：1 免疫保护力增强
接种后蛋白质在宿主细胞内表达，直接与组织相容性复合物MHCI或II类分子结合，同时引起细胞和体液免疫，对慢性病毒感染性疾病等依赖
细胞免疫清除病原的疾病的预防更加有效。
2 制备简单，省时省力
核酸疫苗作为一种重组质粒，易在工程菌内大量扩增，提纯方法简单，且可将编码不同抗原基因的多种重组质粒联合应用，制备多价核酸疫苗，这样可大大减少人力、物力、财力以及多次接种带来的
应激反应。
3 同种异株交叉保护
这是基因疫苗的最大优点之一。在制备基因疫苗时，可通过对基因表达载体所携带的靶基因进行改造，从而选择抗原决定簇。
4 应用较安全
接种核酸疫苗后，蛋白质抗原在宿主细胞内表达，无因毒力返祖或残留毒力病毒颗粒而引发疫病的危险，也不会引起对机体的不良反应。
5 产生持久免疫应答
免疫具有持久性，一次接种可获得长期免疫力，无需反复多次加强免疫。Wolff等报道，在注射后19个月仍可检测到外源基因相当数量的表达。
6 贮存、运输方便
核酸疫苗的质粒DNA稳定性好，便于贮存和运输，无须冷藏。
7 可用于防治肿瘤
CTL应答也是机体杀死癌变细胞的有效清除途径。若能找到在细胞恶性转化过程中的关键蛋白，就能制备肿瘤的CTL疫苗。该基因疫苗接种后，可诱发机体产生CTL免疫应答，对细胞的恶变进行免疫监视，对癌变的细胞产生免疫应答，从而为
癌症的预防和
免疫治疗提供强有力的新式武器。
潜在危险
1 质粒DNA可能诱导自身免疫反应，但是人和动物的许多试验表明质粒DNA诱发
自身免疫性疾病的可能性较小。目前已有一项DNA疫苗的接种研究表明，免疫动物血清中未检测到抗DNA抗体。但在DNA疫苗的临床试验中。应对接种者进行抗DNA抗体检测。
2 持续表达外源抗原可能产生一些不良后果。质粒长期过高水平地表达外源抗原，可能导致机体对该抗原的免疫耐受或麻醉。在成年动物，尚未见到因DNA疫苗接种而诱发免疫耐受的例子。但新生动物的
免疫系统尚未成熟，可能将外源抗原认为自己成分而形成耐受。另外，持续低水平表达的抗原可能会被血中的中和抗体清除，不能引起足够的免疫应答，从而使疫苗的预防作用得不到充分的体现。
3
肌肉注射质粒后，仅有很少部分被肌细胞所摄取，反复用
PCR技术检查血中质粒，结果为阴性，揭示肌注后逸入血流的疫苗质粒数量是微不足道的，质粒去向如何尚待进一步阐明。
4 影响核酸疫苗诱发机体免疫应答的因素很多，目前已知的主要有载体设计、核酸疫苗的导入方法、佐剂及辅助因子会对其免疫效果有影响。另外年龄和性别因素、肌注剂量和体积、预先注射
蔗糖溶液等都会对肌注质粒DNA表达有影响。
5外源DNA注入体内后，可能整合到宿主基因组上，使宿主细胞抑癌基因失活或癌基因活化，使宿主细胞转化成癌细胞，这也许是核酸疫苗的诸多安全性问题中最值得深入研究的地方。Whalen等认为：通常用于实验核酸免疫的剂量（100ug质粒）相当于1013拷贝，当注入肌肉后，绝大部分被降解和清除，但此问题仍待进一步研究证明。