小麦上常见的黑穗病主要有光腥黑穗病，円腥黑穗病、矮腥黑穗病、印度腥黑穗病、散黑穗病和秆黑粉病，其共同特点是病菌一年只侵染一次，为系统侵染性病害。
小麦秆黑粉病俗称“乌麦”、“黒松”、“黑疸”、“锁口疸”,20世纪80年代在陕西渭北、河南和河北一些地区严重发生。
小麦黑穗病防治方法：
在加强植物检疫的基础上，采取农业措施与种子处理相结合的综合防治措施。
1.植物检疫对于小麦腥黑穗病，严格执行检疫检验制度，认真搞好产地检疫和调运检疫，重病田(病株率达0.6%以上)必须销毁或焚烧处理，轻病田(病株率06%以下)及时拔除病株，禁止留作种用，不从病区调运种子。
2.种子处理
(1)种子消毒：①石灰水消毒：用1%石灰水50千克浸麦种25–30千克，防治效果较好。浸种时间因气温不同而异，气温35℃时浸种1天，30℃时1–2天，25℃时2天，20℃时3天，15℃时6天。浸种后滤出推平晾干，随即播种或贮备用。③温汤浸种：将麦种浸在4–46℃温水内维持3小时，然后捞出，冷却并晾干；也可先将种子在冷水中预浸46小时使菌丝萌动，在49℃的水中浸1分钟，然后在52–54℃的水中浸10分钟。
(2)药剂拌种或包衣：用15%三唑酮(粉锈宁)可湿性粉剂200克拌麦种100千克，或用6%成唑醇(立克秀)悬浮种衣剂50毫升，加水3升左右包衣100千克麦种，或用05%烯唑醇悬浮种衣剂按1:70药种比包衣，对多种小麦黑穗病有很好的防治效果。还可用3%苯醚甲环唑悬浮种衣剂200~300毫升，加水1–1.6千克混匀，包衣100千克麦种，对小麦矮腥黑穗病具有特效。用3%苯醚甲环唑悬浮种衣剂和2.5%略菌悬浮种衣剂各200毫升，包衣麦种100千克，可兼治小麦黑穗病和雪霉雪腐病。
3.农业措施
(1)选用无病种子：利用品种的抗(耐)病性，因地制宜选用本地区适宜的抗(耐)病品种
(2)合理轮作倒茬：小麦腥黑穗病发生区应实行与油菜、马铃薯、甘薯、棉花、花生、烟草、蔬菜等作物4–5年的轮作，才能收到较好的防效。
(3)提高播种质量，减少病菌侵染机会：适时播种，冬小麦不宜过迟播种，春小麦不宜过早播种。播种深度适宜，不宜过深或覆土过厚。
(4)加强肥水管理，增强植株抗逆性：土壤不宜过湿或过干，冬小麦提倡在秋季播种时，基施长效碳酸氢铵，也可施用少量硫酸铵、氯化铵等作种肥，促苗健壮，追施沃叶微生物菌剂，增强抗逆性。
(5)及时拔除田间病株，病穗集中烧毁，减轻下年度种子带菌程度。
(6)收获时如有黑穗病或黑粉病应及时清洗衣机具表面或用50%多菌灵可湿性粉剂200倍液消毒处理，避免带菌种子留作种用。