重庆轨道交通的运营时间为大部分线路的早上6:30开始运营，晚上23:00关门。
其中环线在非节假日的末班车发车时间为22:30，而节假日及前一日的末班车发车时间则为23:00。一些站点在晚上11点以后仍可以上车。1号线、2号线、3号线(举人坝-碧津)、5号线、6号线和10号线的运营时间也为早上6:30至晚上23:00，始发站的末班车发车时间为晚上23:00。
而3号线(江北机场T2航站楼-鱼洞)的运营时间为早上6:30至晚上22:30，晚上20:30至23:00仅在部分车站运行。4号线和郭波线的运营时间为早上6:30至晚上22:30，末班车发车时间为晚上22:30。需要注意的是，重庆的2号线和3号线是单轨系统，而其余线路是地铁系统。
虽然人们习惯将重庆地铁称为轻轨，但实际上重庆没有轻轨，而是多系统协调发展的重庆轨道交通。