熔岩队是由赤焰松所建立起来的邪恶组织，他们的目的是为了达到扩张陆地面积为了对远古宝可梦固拉多进行深度研究，龙岩队的每一位成员，他们都配备了高科技设备，并且掌握非常强大的情报网，但是除了固拉多的资料，他们对其他的事情并不感兴趣。
火箭队是有坂木一手建立，是一个非常庞大的节邪恶组织，他们的目的是创造世上最强的宝可梦。火箭队这个名字本来就不是很高，但是因为武藏小次郎和喵喵的三个角色制造了很多笑料，才让火箭队的名气越来越高，如果说没有他们三个的存在，火箭队就是一个单纯的令人反感的邪恶组织。
水舰队是由水梧桐组建的组织。他们的目的一直想扩张大海的面积，继续扩张，让整个世界成为蓝色海洋，水电队的这一个目标和熔岩队的目的正好相反，所以说他们就会因为目的的不同而产生矛盾，并且经常大打出手，而为了实现自己的目标，水电队配备精良的仪器追踪盖欧卡的行踪，通过对盖欧卡的大量研究，他们曾经想试图控制盖欧卡，但是均以失败告终。
银河队就像这个名字一样，他们的装扮非常华丽，然后并且拥有雄厚的资金，他们是以创造新世纪为目标，一直在为帝牙卢卡与帕路奇犽做着充分的准备。他们四处收集情有关于这两大神兽的情报，后来银河队头目赤日被帝牙卢卡与帕路奇犽创造的异形状空间吸入，导致银河队失去领导者被迫解散。
等离子队是一个比较有理想和抱负的邪恶组织，他们做事情的风格非常的蛮横粗暴，但是他们却总是有自己足够的理由去成功洗脑大众让很多人都心甘情愿接受他们，但是他们实际上是在传造谣一个宝可梦不不受任何伤害的世界背后却用的粗暴的手段捕捉雷希，拉姆和捷克罗姆后来他们因为某种特殊的原因被迫解散。
闪焰队的全部成员都穿着红色衣服佩戴极其夸张的眼镜，他们与银河队的目标是相同的，都想要造就一个美好的世界，但是做法也是非常邪恶，妄图使用AV制造的远古终极兵器毁灭地球上的生命体，包括人类以及宝可梦，为了达到已达到地球减压的目的，创造出理想中的美好世界。他们做事也是不管别人只要自己开心。
骷髅队是出现在阿罗拉地区，他们时不时会大闹精灵学园以及试炼场，他们和火箭队的目标是一样的，都是为了抢夺其他的宝可梦，但是从未真正抢夺成功过，并且总是被主角教训。
宠物小精灵总有七大邪恶组织，他们都有着自己不同的目的，也有着美好远大的理想，但是最终都因为主角小智一队而失败。