入学时不分，但高考时分。即是说高中大家所学的科目都是一样的，但是到高考时会分文理科考试。文科就考语文，英语和文科卷；理科则是考数学，英语，物理化学生物三选一。
因此高二左右大家就会开始决定大学学文还是学理，然后决定偏向着哪科去学习。有的学校也会针对不同学生开展不同科目的讲座，也就是说的开小灶 给要学文的补习文科 要学理的补习理科。但平日上课是不分文理的。
日本高中通常从高二开始文理科分科，为的是适应高考不同的考试科目。日本学生分科之前，必须明确是考国立大学，还是考私立大学。因为两种大学考试科目的数量有很大不同。考国立大学，除了必须参加“中心考试”（类似统一考试）的6科（数、理、化、外语、国语、文科卷）考试外，还要参加志愿高校的3科文科或理科考试。而私立大学通常只有3门考试，如文科就考外语、国语和文科卷；如理科就考英语、数学、物理或化学。