所谓病理状态是正常生理功能受影响，代谢、形态结构紊乱。细胞虽然已经是生物的最基本组成单位，但是依然是会有疾病状态的，会有比细胞更小的生物因素影响其活动。
人体的很多疾病就是发生于细胞层面，当病毒感染的时候病毒就会依附在细胞上，将自己的核酸注入细胞中，病毒的核酸具有酶的作用，可以催动病毒将核酸整合在细胞的核酸中，或者可以直接在细胞中利用细胞其合成自己的核酸和蛋白质衣壳装配成完整的病毒，结果就是细胞的物质被大量消耗，细胞的正常功能受影响，于是会触发细胞的程序性死亡等事件，于是细胞破裂将病毒释放出来。
宏观上看，组织细胞的受损会导致人体器官的异常，还会因为有内生致热原等物质的释放导致人发热等不良反应，于是人体整体的功能也会受到影响，比如感冒主要在呼吸道起作用，但是由于感冒导致食欲下降、体温身高等反应，又会引发更广泛的影响，出现功能、代谢、形态结构紊乱。
单细胞动物从结构上和人体细胞差异不是很大，主要是外周有一圈鞭毛，鞭毛蛋白可以结合水中的无机盐离子发生形态的变化，于是鞭毛就动了起来，实现了单细胞动物最基本的运动以便趋利避害；此外它们的细胞膜拥有很好的流动性，类似于人体的巨噬细胞，细胞膜流动包裹住食物，然后细胞膜凹陷进入细胞内部将食物送入溶酶体等位置，细胞膜则重新返回构成细胞，或者直接在细胞内结合细胞器的膜。除此之外，从构成上看和人体细胞基本没有什么差异了。
既然人体的疾病可以起始于细胞层面，那么单细胞生物就也会有疾病状态。疾病状态可以由自身因素引起也可以由外界环境因素引起。自身因素主要是基因的表达，不过这个也是受环境影响的，生物的核酸会不断地突变，而单细胞生物就那一团核酸，没有复杂的染色体构造，核酸链某个点位突变后就可能直接造成单细胞生物的死亡，而在正常的生理过程中，线粒体也会产生氧自由基等特殊的物质构成，也会攻击生物的核酸，至少也会造成单细胞动物生理功能的暂时受影响。
外界环境因素就多了。物理因素中，射线可以杀死单细胞生物，因射线波长短可以直接作用于亚分子甚至原子层面，导致细胞的核酸受影响、高温可以直接使生物酶失去活性，生理功能受到影响是必然的；化学因素主要是酸碱、无机离子浓度等，也可以作用于生物的核酸。
此外还有生物因素，捕食关系不算是疾病状态，但这个世界的生物很神奇，早前科学家发现了一种最小的细菌，它简单到细胞器不全，必须寄生在其它的细胞中才能正常地生存繁衍，不过它比病毒好一些，拥有一定的在外界活动的能力，这种寄生细菌在所寄生的细胞中也会像病毒一样，摄取细胞的物质用于自身的繁衍，结果也是影响单细胞生物的正常繁衍，单细胞动物也会遭遇细菌的影响，还是会造成生理功能的紊乱。