合法的农民专业合作社应该走完的五个程序：
第一步：申领合作社法人营业执照
办理部门：工商行政管理局
依据：《合作社登记管理条例》
提交材料：
1、设立登记申请书；
2、全体设立人签名、盖章的设立大会纪要；
3、全体设立人签名、盖章的章程；
4、法定代表人、理事的任职文件和身份证明；
5、全体出资成员签名、盖章予以确认的出资清单；
6、法定代表人签署的成员名册和成员身份证明复印件；
7、住所使用证明；
8、指定代表或者委托代理人的证明；
9、合作社名称预先核准申请书；
10、业务范围涉及前置许可的文件。
收费内容：不收任何费用。
注意事项：
1、农民专业合作社名称为：行政区划+字号或商号+产业类别+专业合作社；
2、农民专业合作社法人营业执照不需要年检。
第二步：办理合作社公章
办理部门：公安局
依据：《公安部印章管理办法》
提交材料：合作社法人营业执照复印件、法人代表身份证复印件、经办人身份证复印件。 收费内容：刻章费，根据材料不同，几十元到一百元不等。
注意事项：目前专业合作社需要的公章有行政章、财务专用章、法人代表章共三枚。
第三步：申领组织机构统一代码证
办理部门：质量技术监督局
依 据：《山东省组织机构代码管理办法》
提交材料：
1、合作社法人营业执照副本原件及复印件一份；
2、合作社法人代表及经办人身份证原件及复印件一份；
3、如受他人委托代办的，须持有委托单位出具的代办委托书面证明。
收费内容：证工本费：正本、副本、技术服务费、IC卡工本费。
注意事项：
1、合作社自工商局批准成立或核准登记成立之日起30日内办理组织代码证。
2、代码证有效期限为四年，到期须要换证；代码证实行年检制度。
第四步：申领税务登记证
办理部门：国家、地方税务局
依据：《税务登记管理办法》
提交材料：
1、法人营业执照副本及复印件；
2、组织机构统一代码证书副本及复印件；
3、法定代表人(负责人)居民身份证或者其他证明身份的合法证件复印件；
4、经营场所房屋产权证书复印件；
5、成立章程或协议书复印件；
收费内容：2009年中央一号文件明确，将合作社纳入税务登记系统，免收税务登记工本费。
注意事项：
1、合作社应当自领取工商营业执照之日起30日内申报办理税务登记，未按照规定期限申报办理者，可处2000元以下的罚款。
2、税务登记证定期验证、换证和年检，一年验证一次，三年更换一次。
第五步：办理银行开户和账号
办理部门：任意一家商业银行、农村信用社
依据：《银行账户管理办法》
提交材料：
1、法人营业执照正、副本及其复印件；
2、组织机构代码证书正、副本及其复印件；
3、农民专业合作社法定代表人的身份证及其复印件；
4、经办人员身份证明原件、相关授权文件；
5、税务登记证正、副本及其复印件；
6、合作社公章和财务专用章及其法人代表名章。
收费内容：不收费
注意事项：在银行办理完账号、账户后，需要提交账户到国家税务局；每月到国税局报税。