一是主体不同。开工报告，由投资主管部门（发展改革委）按照国家规定权限审批。施工许可，按照建设项目类型划分，由相关部门（住建、交通等）依法核发（批准）。二是范围不同。按照国家规定，除重大政府投资项目（含特殊情况）需审批开工报告外，一般项目不再审批。施工许可一般是按照建设项目规模划分，不区分投资主体、项目性质，如房屋建筑类项目，除限额（投资额或建筑面积）以下的可以不办理外，其余均应申请办理。三是不重复办理。有关法律规定，按照权限和程序批准开工报告的，不再领取施工许可证。
法律依据：
《中华人民共和国建筑法》第七条建筑工程开工前，建设单位应当按照国家有关规定向工程所在地县级以上人民政府建设行政主管部门申请领取施工许可证；但是，国务院建设行政主管部门确定的限额以下的小型工程除外。按照国务院规定的权限和程序批准开工报告的建筑工程，不再领取施工许可证。
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