如何利用pmf数据从互联网进行数据库搜索

Question

如题所述

Answer 1

考察了基质辅助激光解析飞行时间质谱获得肽质量指纹谱（PMF）时主要分析条件及准确度对蛋白质数据库搜索结果的影响。将牛血清白蛋白（BSA）经聚丙烯酰胺凝胶电泳（SDS—PAGE）分离、酶解；肽段经质谱分析得PMF数据；用MS-Fit引擎在相同数据库及参数下搜索。得出：（1）激光脉冲击打次数在300次以前时，蛋白序列和肽段覆盖率逐步增加；当击打400次时，覆盖率呈下降趋势；（2）随着激光强度增加，目标蛋白得分、氨基酸序列和肽段的覆盖率逐步增加，但当强度增到1413时，则呈现降低趋势；（3）随延迟时间的增加，肽覆盖率呈递增趋势，但当达260ns后呈下降趋势。按照优化的分析条件对同一位点重复3次，重复性良好。通过对质谱数据准确度的考察，发现以Mix2为外标，数据跟标准值差异越小时，则经其校正后的肽段数据所搜索目标蛋白的得分越高、排序靠前、检出预选蛋白个数越少，可信度越高；反之，难获得候选蛋白。结果表明：质谱准确度和分析条件对蛋白质数据库搜索影响显著。